Statistics or biology: the zero-inflation controversy about scRNA-seq data.
Statistics or biology: the zero-inflation controversy about scRNA-seq data.
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DOI：
10.1186/s13059-022-02601-5
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发表时间：
2022-01-21
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Li JJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiang R;Sun T;Song D;Li JJ
研究人员对单细胞RNA-seq数据中的大量零值有不同的看法：一些人认为零值是代表没有或低基因表达的生物信号，而另一些人则认为零值是需要纠正的缺失数据。为了解决这一争议，在这里，我们讨论了生物和非生物零的来源;介绍了在计算基准中添加非生物零的五种机制;评估了非生物零对数据分析的影响;基准三种输入数据类型：观察计数，估算计数和二进制计数;讨论了关于非生物零的开放性问题;并倡导透明分析的重要性。在线版本包含补充材料，可在（10.1186/s13059-022-02601-5）获得。
Researchers view vast zeros in single-cell RNA-seq data differently: some regard zeros as biological signals representing no or low gene expression, while others regard zeros as missing data to be corrected. To help address the controversy, here we discuss the sources of biological and non-biological zeros; introduce five mechanisms of adding non-biological zeros in computational benchmarking; evaluate the impacts of non-biological zeros on data analysis; benchmark three input data types: observed counts, imputed counts, and binarized counts; discuss the open questions regarding non-biological zeros; and advocate the importance of transparent analysis. The online version contains supplementary material available at (10.1186/s13059-022-02601-5).
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Shendure, Jay
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Hemberg, Martin
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