Detecting false-positive signals in exome sequencing.
Detecting false-positive signals in exome sequencing.
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DOI：
10.1002/humu.22033
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发表时间：
2012-04
期刊：
影响因子：
3.9
通讯作者：
Markello, Thomas
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fajardo, Karin V. Fuentes;Adams, David;Mason, Christopher E.;Sincan, Murat;Tifft, Cynthia;Toro, Camilo;Boerkoel, Cornelius F.;Gahl, William;Markello, Thomas
关键词：
疾病基因的发现已经通过负担得起的外显子和基因组测序而发生了变化。鉴定致病突变需要筛选大量的序列变异。基于以下一个或多个标准，变异体的子集不太可能成为疾病病因的良好候选者：(1)位于已知的高度多态的基因组区域中，(2)具有提示组装错位的特征，和/或(3)基于误导性的参考基因组信息被标记为变异体。我们分析了NIH未诊断疾病计划(UDP)中29个家庭的118个个体的外显子组序列数据，以创建具有这些特征的变异和基因列表。具体地说，我们确定了几组在外显子组分析中临时排除的候选基因；23,389个杂合度过高的位置暗示了比对错误；以及1,009个位置，其中hg18人类基因组参考序列似乎包含一个小等位基因。排除这些变异体，我们在补充列表中提供，可能会加强使用外显子组序列数据识别致病突变。
Disease gene discovery has been transformed by affordable sequencing of exomes and genomes. Identification of disease-causing mutations requires sifting through a large number of sequence variants. A subset of the variants are unlikely to be good candidates for disease causation based on one or more of the following criteria: (1) being located in genomic regions known to be highly polymorphic, (2) having characteristics suggesting assembly misalignment, and/or (3) being labeled as variants based on misleading reference genome information. We analyzed exome sequence data from 118 individuals in 29 families seen in the NIH Undiagnosed Diseases Program (UDP) to create lists of variants and genes with these characteristics. Specifically, we identified several groups of genes that are candidates for provisional exclusion during exome analysis; 23,389 positions with excess heterozygosity suggestive of alignment errors; and 1,009 positions in which the hg18 human genome reference sequence appeared to contain a minor allele. Exclusion of such variants, which we provide in supplemental lists, will likely enhance identification of disease-causing mutations using exome sequence data.
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