Microbiome Modelling Toolbox 2.0: efficient, tractable modelling of microbiome communities.
Microbiome Modelling Toolbox 2.0: efficient, tractable modelling of microbiome communities.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btac082
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发表时间：
2022-04-12
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文献类型：
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基于约束的重建和分析（COBRA）是一种广泛用于微生物组样本询问和分层的方法，但由于模拟的可扩展性和效率有限，大规模队列的应用受到阻碍。我们大大提高了先前实现的计算速度和可扩展性，用于构建和询问个性化的基于约束的微生物组模型，并实现了用于分析和可视化的附加功能。微生物组建模教程和教程作为COBRA教程的一部分可在https://git.io/microbiomeModelingToolbox上免费获得。
Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA) is a widely used approach for the interrogation and stratification of microbiome samples, yet applications to large-scale cohorts are hampered by limited scalability and efficiency of simulations. We substantially improved the computation speed and scalability of a previous implementation for the construction and interrogation of personalized constraint-based microbiome models as well as implemented additional functionalities for analysis and visualization. Microbiome Modelling Toolbox and tutorials are freely available as part of the COBRA Toolbox at https://git.io/microbiomeModelingToolbox.
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影响因子：
46.9
作者：
Magnusdottir, Stefania;Heinken, Almut;Thiele, Ines
通讯作者：
Thiele, Ines
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12.2
作者：
Hertel J;Heinken A;Martinelli F;Thiele I
通讯作者：
Thiele I
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作者：
Heirendt, Laurent;Arreckx, Sylvain;Fleming, Ronan M. T.
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Fleming, Ronan M. T.
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作者：
Baldini, Federico;Heinken, Almut;Thiele, Ines
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作者：
Gudmundsson S;Thiele I
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