PIPE-CLIP: a comprehensive online tool for CLIP-seq data analysis.
PIPE-CLIP: a comprehensive online tool for CLIP-seq data analysis.
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DOI：
10.1186/gb-2014-15-1-r18
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发表时间：
2014-01-22
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Xie Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen B;Yun J;Kim MS;Mendell JT;Xie Y
CLIP-seq被广泛用于研究RNA结合蛋白和RNA之间的全基因组相互作用。然而，很少有工具可用于分析CLIP-seq数据，从而为该方法的实施创造了瓶颈。在这里，我们介绍了PIPE-CLIP，一个基于Galaxy框架的综合在线管道，用于可靠分析三种类型的CLIP-seq协议生成的数据：HITS-CLIP，PAR-CLIP和iCLIP。PIPE-CLIP提供数据处理和统计分析，以确定候选交联区域，这些区域与原始研究或使用现有计算工具确定的区域相当。PIPE-CLIP可在http://pipeclip.qbrc.org/上获得。
CLIP-seq is widely used to study genome-wide interactions between RNA-binding proteins and RNAs. However, there are few tools available to analyze CLIP-seq data, thus creating a bottleneck to the implementation of this methodology. Here, we present PIPE-CLIP, a Galaxy framework-based comprehensive online pipeline for reliable analysis of data generated by three types of CLIP-seq protocol: HITS-CLIP, PAR-CLIP and iCLIP. PIPE-CLIP provides both data processing and statistical analysis to determine candidate cross-linking regions, which are comparable to those regions identified from the original studies or using existing computational tools. PIPE-CLIP is available at http://pipeclip.qbrc.org/.
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