Probing Differential Binding Mechanisms of Phenylalanine-Glycine-Rich Nucleoporins by Single-Molecule FRET.
Probing Differential Binding Mechanisms of Phenylalanine-Glycine-Rich Nucleoporins by Single-Molecule FRET.
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DOI：
10.1016/bs.mie.2018.08.034
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发表时间：
2018
影响因子：
--
通讯作者：
Lemke EA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tan PS;Lemke EA
富含苯丙氨酸甘氨酸的核孔蛋白（FG-Nups）是一种本质上无序的蛋白质，构成了核孔复合物的选择性屏障。它们在生理条件下是高度动态的，研究它们与核转运受体（NTR）的相互作用是理解核质转运分子机制的关键。多参数单分子荧光能量转移（smFRET）是研究溶液中生物分子动力学和相互作用的有力技术，可用于检测FG-Nups与不同NTR相互作用的独特构象特征。在这里，我们提供了一个详细的协议，利用smFRET来揭示FG-Nups的NTRs的差异结合机制，重点是对非糖基化和糖基化的FG-Nups的样品制备，位点特异性双标记，smFRET测量和数据分析的实际考虑。
Phenylalanine-glycine-rich nucleoporins (FG-Nups) are intrinsically disordered proteins, constituting the selective barrier of the nuclear pore complex. They are highly dynamic under physiological conditions and studying their interaction with nuclear transport receptors (NTRs) is key to understanding the molecular mechanism of nucleocytoplasmic transport. Distinct conformational features of FG-Nups interacting with diverse NTRs can be detected by multiparameter single-molecule fluorescence energy transfer (smFRET), which is a powerful technique for studying the dynamics and interactions of biomolecules in solution. Here we provide a detailed protocol utilizing smFRET to reveal differential binding mechanisms of FG-Nups to NTRs, with a focus on practical considerations on sample preparation of unglycosylated and glycosylated FG-Nups, site-specific dual-labeling, smFRET measurements, and data analysis.
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影响因子：
64.8
作者：
Kim SJ;Fernandez-Martinez J;Nudelman I;Shi Y;Zhang W;Raveh B;Herricks T;Slaughter BD;Hogan JA;Upla P;Chemmama IE;Pellarin R;Echeverria I;Shivaraju M;Chaudhury AS;Wang J;Williams R;Unruh JR;Greenberg CH;Jacobs EY;Yu Z;de la Cruz MJ;Mironska R;Stokes DL;Aitchison JD;Jarrold MF;Gerton JL;Ludtke SJ;Akey CW;Chait BT;Sali A;Rout MP
通讯作者：
Rout MP
影响因子：
7.3
作者：
Aramburu IV;Lemke EA
通讯作者：
Lemke EA
影响因子：
15
作者：
Brustad EM;Lemke EA;Schultz PG;Deniz AA
通讯作者：
Deniz AA
影响因子：
16.6
作者：
Eibauer, Matthias;Pellanda, Mauro;Turgay, Yagmur;Dubrovsky, Anna;Wild, Annik;Medalia, Ohad
通讯作者：
Medalia, Ohad
DOI：
10.1073/pnas.1001743107
发表时间：
2010-08-17
影响因子：
11.1
作者：
Mueller-Spaeth, Sonja;Soranno, Andrea;Schuler, Benjamin
通讯作者：
Schuler, Benjamin