Myeloablation-associated deletion of ORF4 in a human coronavirus 229E infection.
Myeloablation-associated deletion of ORF4 in a human coronavirus 229E infection.
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DOI：
10.1038/s41525-017-0033-4
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发表时间：
2017
影响因子：
5.3
通讯作者：
Jerome KR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Greninger AL;Pepper G;Shean RC;Cent A;Palileo I;Kuypers JM;Schiffer JT;Jerome KR
我们描述了一种人类冠状病毒229 E的宏基因组下一代测序（mNGS），该冠状病毒来自一名患有AML和持续性上呼吸道症状的患者，该患者接受了造血细胞移植（HCT）。mNGS揭示了548个核苷酸的缺失，其包括几乎整个ORF 4基因，并且未检测到提示混合感染的次要等位基因变体。作为HCT前预处理方案的一部分，患者接受环磷酰胺清髓治疗和12戈伊全身照射。迭代测序和RT-PCR确认的4个呼吸道样本在4周的peritransplant期间显示，预处理菌株包含一个完整的ORF 4基因，而删除菌株出现后不久的条件和持续超过2.5周的时间。该序列代表了在人类RNA病毒中检测到的最大基因组缺失之一，并描述了与HCT骨髓消融相关的大规模病毒突变。
We describe metagenomic next-generation sequencing (mNGS) of a human coronavirus 229E from a patient with AML and persistent upper respiratory symptoms, who underwent hematopoietic cell transplantation (HCT). mNGS revealed a 548-nucleotide deletion, which comprised the near entirety of the ORF4 gene, and no minor allele variants were detected to suggest a mixed infection. As part of her pre-HCT conditioning regimen, the patient received myeloablative treatment with cyclophosphamide and 12 Gy total body irradiation. Iterative sequencing and RT-PCR confirmation of four respiratory samples over the 4-week peritransplant period revealed that the pre-conditioning strain contained an intact ORF4 gene, while the deletion strain appeared just after conditioning and persisted over a 2.5-week period. This sequence represents one of the largest genomic deletions detected in a human RNA virus and describes large-scale viral mutation associated with myeloablation for HCT.
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影响因子：
4.6
作者：
Koelle DM;Norberg P;Fitzgibbon MP;Russell RM;Greninger AL;Huang ML;Stensland L;Jing L;Magaret AS;Diem K;Selke S;Xie H;Celum C;Lingappa JR;Jerome KR;Wald A;Johnston C
通讯作者：
Johnston C
人冠状病毒 229E 的 ORF4a 蛋白充当调节病毒产生的病毒孔蛋白
DOI：
10.1016/j.bbamem.2013.07.025
发表时间：
2014-04
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
Zhang R;Wang K;Lv W;Yu W;Xie S;Xu K;Schwarz W;Xiong S;Sun B
通讯作者：
Sun B
影响因子：
12.3
作者：
Greninger AL;Messacar K;Dunnebacke T;Naccache SN;Federman S;Bouquet J;Mirsky D;Nomura Y;Yagi S;Glaser C;Vollmer M;Press CA;Kleinschmidt-DeMasters BK;Dominguez SR;Chiu CY
通讯作者：
Chiu CY
影响因子：
4.8
作者：
Dijkman, Ronald;Jebbink, Maarten F;Wilbrink, Berry;Pyrc, Krzysztof;Zaaijer, Hans L;Minor, Philip D;Franklin, Sally;Berkhout, Ben;Thiel, Volker;van der Hoek, Lia
通讯作者：
van der Hoek, Lia
影响因子：
3.7
作者：
Greninger AL;Chen EC;Sittler T;Scheinerman A;Roubinian N;Yu G;Kim E;Pillai DR;Guyard C;Mazzulli T;Isa P;Arias CF;Hackett J;Schochetman G;Miller S;Tang P;Chiu CY
通讯作者：
Chiu CY