Preconditioners for the geometry optimisation and saddle point search of molecular systems.
Preconditioners for the geometry optimisation and saddle point search of molecular systems.
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DOI：
10.1038/s41598-018-32105-x
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发表时间：
2018-09-18
影响因子：
4.6
通讯作者：
Csányi G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mones L;Ortner C;Csányi G
引入了一类预条件算子来增强分子体系的几何优化和过渡态搜索。我们从分子力学项的黑森出发，分解它，只保留它的正定部分，以构造一个稀疏的预条件矩阵。这种构造只需要计算相应的分子力学项的梯度，这些项已经在流行的力场软件包中可用。对于分子晶体，预处理器可以直接与最近引入的用于周期系统的指数预处理器相结合。利用经验势能面、半经验势能面和从头算势能面，在几个系统上验证了该方法的有效性。
A class of preconditioners is introduced to enhance geometry optimisation and transition state search of molecular systems. We start from the Hessian of molecular mechanical terms, decompose it and retain only its positive definite part to construct a sparse preconditioner matrix. The construction requires only the computation of the gradient of the corresponding molecular mechanical terms that are already available in popular force field software packages. For molecular crystals, the preconditioner can be combined straightforwardly with the exponential preconditioner recently introduced for periodic systems. The efficiency is demonstrated on several systems using empirical, semiempirical and ab initio potential energy surfaces.
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DOI：
10.1107/s0108768111042868
发表时间：
2011-12
期刊：
Acta crystallographica. Section B, Structural science
影响因子：
--
作者：
Bardwell DA;Adjiman CS;Arnautova YA;Bartashevich E;Boerrigter SX;Braun DE;Cruz-Cabeza AJ;Day GM;Della Valle RG;Desiraju GR;van Eijck BP;Facelli JC;Ferraro MB;Grillo D;Habgood M;Hofmann DW;Hofmann F;Jose KV;Karamertzanis PG;Kazantsev AV;Kendrick J;Kuleshova LN;Leusen FJ;Maleev AV;Misquitta AJ;Mohamed S;Needs RJ;Neumann MA;Nikylov D;Orendt AM;Pal R;Pantelides CC;Pickard CJ;Price LS;Price SL;Scheraga HA;van de Streek J;Thakur TS;Tiwari S;Venuti E;Zhitkov IK
通讯作者：
Zhitkov IK
影响因子：
2.1
作者：
Bahn, SR;Jacobsen, KW
通讯作者：
Jacobsen, KW
影响因子：
3.8
作者：
CSASZAR, P;PULAY, P
通讯作者：
PULAY, P
影响因子：
1.7
作者：
Lippert, G;Hutter, J;Parrinello, M
通讯作者：
Parrinello, M
影响因子：
3
作者：
BAKER, J
通讯作者：
BAKER, J