The Scramble conversion tool
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu390
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发表时间：
2014-10-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Bonfield, James K.
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Bonfield, James K.
动机：参考CRAM文件格式实现是用Java实现的。提出了一种新的SAM、BAM和CRAM文件I/O的C实现。结果：For CRAM的C实现在解码时比BAM慢1.5-1.7倍，在编码时快1.8-2.6倍。我们看到文件大小节省了34%-55%。
Motivation: The reference CRAM file format implementation is in Java. We present 'Scramble': a new C implementation of SAM, BAM and CRAM file I/O.Results: The C implementation of for CRAM is 1.5-1.7x slower than BAM at decoding but 1.8-2.6x faster at encoding. We see file size savings of 34-55%.