SMURF: Genomic mapping of fungal secondary metabolite clusters.
SMURF: Genomic mapping of fungal secondary metabolite clusters.
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DOI：
10.1016/j.fgb.2010.06.003
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发表时间：
2010-09
影响因子：
3
通讯作者：
Fedorova, Natalie D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khaldi, Nora;Seifuddin, Fayaz T.;Turner, Geoff;Haft, Daniel;Nierman, William C.;Wolfe, Kenneth H.;Fedorova, Natalie D.
关键词：
真菌产生一系列令人印象深刻的次级代谢产物（SM），包括真菌毒素，抗生素和药物。负责它们的生物合成、输出和转录调控的基因通常存在于相邻的基因簇中。为了便于在测序的真菌基因组中注释这些簇，我们开发了基于网络的软件SMURF（www.jcvi.org/smurf/），以基于它们的基因组背景和结构域内容系统地预测聚类的SM基因。我们应用SMURF对27个公开的真菌基因组中的推定簇进行了分类。比较遗传特征的集群从六种真菌表明，SMURF准确地恢复所有集群和检测到额外的潜在集群。随后的比较分析揭示了真菌SM途径的显著生物合成能力和可变性以及单细胞性与SM缺失之间的相关性。需要进一步的遗传学研究来实验证实这些集群。
Fungi produce an impressive array of secondary metabolites (SMs) including mycotoxins, antibiotics and pharmaceuticals. The genes responsible for their biosynthesis, export, and transcriptional regulation are often found in contiguous gene clusters. To facilitate annotation of these clusters in sequenced fungal genomes, we developed the web-based software SMURF (www.jcvi.org/smurf/) to systematically predict clustered SM genes based on their genomic context and domain content. We applied SMURF to catalog putative clusters in 27 publicly available fungal genomes. Comparison with genetically characterized clusters from six fungal species showed that SMURF accurately recovered all clusters and detected additional potential clusters. Subsequent comparative analysis revealed the striking biosynthetic capacity and variability of the fungal SM pathways and the correlation between unicellularity and the absence of SMs. Further genetics studies are needed to experimentally confirm these clusters.
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