Analysis of genome-wide RNA-sequencing data suggests age of the CEPH/Utah (CEU) lymphoblastoid cell lines systematically biases gene expression profiles.
Analysis of genome-wide RNA-sequencing data suggests age of the CEPH/Utah (CEU) lymphoblastoid cell lines systematically biases gene expression profiles.
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全基因组 RNA 测序数据分析表明 CEPH/Utah (CEU) 类淋巴母细胞系的年龄系统性地影响基因表达谱
DOI：
10.1038/srep07960
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发表时间：
2015-01-22
影响因子：
4.6
通讯作者：
Xu S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yuan Y;Tian L;Lu D;Xu S
在人类中，来自 CEPH/CEU（人类多态性研究中心 - 犹他州）家族资源的类淋巴母细胞系 (LCL) 已被广泛用于检查基因表达水平的遗传学。然而，我们注意到 CEU/CEPH 细胞系是在大约三十年前收集和转化的，比相关个体的其他细胞系早得多，我们怀疑这可能会影响基因表达、数据分析和结果解释。在本研究中，通过分析 CEU 和其他三个欧洲人群以及非洲人群的 RNA 测序数据，我们系统地检查和评估了 LCL 年龄对基因表达水平和模式的潜在混杂影响。我们的结果表明，CEU 样本的基因表达谱因 CEU 细胞系年龄较大而存在偏差。有趣的是，大多数 CEU 特异性表达与细胞增殖相关的功能相关，这更可能是由于细胞系年龄较大，而不是群体的内在特征。我们建议在未来的研究中使用 CEU LCL 进行转录组数据分析时仔细解释结果。
In human, Lymphoblastoid cell lines (LCLs) from the CEPH/CEU (Centre d'Etude du Polymorphisme Humain – Utah) family resource have been extensively used for examining the genetics of gene expression levels. However, we noted that CEU/CEPH cell lines were collected and transformed approximately thirty years ago, much earlier than the other cell lines from the pertaining individuals, which we suspected could potentially affect gene expression, data analysis and results interpretation. In this study, by analyzing RNA sequencing data of CEU and the other three European populations as well as an African population, we systematically examined and evaluated the potential confounding effect of LCL age on gene expression levels and patterns. Our results indicated that gene expression profiles of CEU samples have been biased by the older age of CEU cell lines. Interestingly, most of CEU-specific expressions are associated with functions related to cell proliferation, which are more likely due to older age of cell lines than intrinsic characters of the population. We suggested the results be carefully explained when CEU LCLs are used for transcriptomic data analysis in future studies.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
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来自1,092个人基因组的遗传变异的综合图。
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作者：
Çalışkan M;Pritchard JK;Ober C;Gilad Y
通讯作者：
Gilad Y
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作者：
Morag, Ayelet;Kirchheiner, Julia;Gurwitz, David
通讯作者：
Gurwitz, David
DOI：
10.1126/science.1183621
发表时间：
2010-04-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Kasowski M;Grubert F;Heffelfinger C;Hariharan M;Asabere A;Waszak SM;Habegger L;Rozowsky J;Shi M;Urban AE;Hong MY;Karczewski KJ;Huber W;Weissman SM;Gerstein MB;Korbel JO;Snyder M
通讯作者：
Snyder M