PARalyzer: definition of RNA binding sites from PAR-CLIP short-read sequence data.
PARalyzer: definition of RNA binding sites from PAR-CLIP short-read sequence data.
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DOI：
10.1186/gb-2011-12-8-r79
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发表时间：
2011-08-18
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Ohler U
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Corcoran DL;Georgiev S;Mukherjee N;Gottwein E;Skalsky RL;Keene JD;Ohler U
交联免疫沉淀（CLIP）技术方案使在全转录组范围内鉴定RNA - 蛋白质相互作用位点成为可能。特别是，光激活核糖核苷增强的交联免疫沉淀（PAR - CLIP）利用一种可光激活的核苷实现更高效的交联。我们提出一种以新型PARalyzer工具为核心的方法，用于从PAR - CLIP深度测序数据中绘制高可信度位点。我们表明PARalyzer能描绘出具有高信噪比的位点。基序发现可确定RNA结合蛋白的序列偏好，以及在对Argonaute蛋白进行分析时高度表达的微小RNA的种子匹配。我们的研究描述了定制的分析方法，并为未来在RNA生物学中利用高通量测序的研究提供了指导方针。PARalyzer可在http://www.genome.duke.edu/labs/ohler/research/PARalyzer/获取。
Crosslinking and immunoprecipitation (CLIP) protocols have made it possible to identify transcriptome-wide RNA-protein interaction sites. In particular, PAR-CLIP utilizes a photoactivatable nucleoside for more efficient crosslinking. We present an approach, centered on the novel PARalyzer tool, for mapping high-confidence sites from PAR-CLIP deep-sequencing data. We show that PARalyzer delineates sites with a high signal-to-noise ratio. Motif finding identifies the sequence preferences of RNA-binding proteins, as well as seed-matches for highly expressed microRNAs when profiling Argonaute proteins. Our study describes tailored analytical methods and provides guidelines for future efforts to utilize high-throughput sequencing in RNA biology. PARalyzer is available at http://www.genome.duke.edu/labs/ohler/research/PARalyzer/.
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影响因子：
3
作者：
Gaidatzis D;van Nimwegen E;Hausser J;Zavolan M
通讯作者：
Zavolan M
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作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
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Tuschl T
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