Discriminating cellular heterogeneity using microwell-based RNA cytometry.
Discriminating cellular heterogeneity using microwell-based RNA cytometry.
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DOI：
10.1038/ncomms4451
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发表时间：
2014-03-25
影响因子：
16.6
通讯作者：
Lee, Luke P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dimov, Ivan K.;Lu, Rong;Lee, Eric P.;Seita, Jun;Sahoo, Debashis;Park, Seung-min;Weissman, Irving L.;Lee, Luke P.
区分细胞异质性对于理解细胞生理学非常重要。然而，它受到单细胞测量的技术困难的限制。在这里，我们开发了一个两阶段的系统来确定细胞的异质性。在第一阶段，我们在包含超过60，000个反应室的微孔阵列中进行多重单细胞RNA细胞术。在第二阶段，我们使用RNA细胞计数数据通过提供异质性可能性评分来确定细胞异质性。此外，我们使用蒙特-卡罗模拟和RNA细胞计数数据来计算检测异质性所需的最小细胞数。我们应用该系统来表征衰老相关基因在高度纯化的小鼠造血干细胞群体中的RNA分布。我们确定了揭示这些细胞新异质性的基因。我们还表明，在衰老过程中，Birc6等基因表达的变化可以归因于高表达亚组与低表达亚组中细胞相对部分的变化。
Discriminating cellular heterogeneity is important for understanding cellular physiology. However, it is limited by the technical difficulties of single-cell measurements. Here, we develop a two-stage system to determine cellular heterogeneity. In the first stage, we perform multiplex single-cell RNA-cytometry in a microwell array containing over 60,000 reaction chambers. In the second stage, we use the RNA-cytometry data to determine cellular heterogeneity by providing a heterogeneity likelihood score. Moreover, we use Monte-Carlo simulation and RNA-cytometry data to calculate the minimum number of cells required for detecting heterogeneity. We applied this system to characterize the RNA distributions of aging related genes in a highly purified mouse hematopoietic stem cell population. We identified genes that reveal novel heterogeneity of these cells. We also show that changes in expression of genes such as Birc6 during aging can be attributed to the shift of relative portions of cells in the high-expressing subgroup versus low-expressing subgroup.
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DOI：
10.1126/science.1171837
发表时间：
2009-06-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Rosen JM;Jordan CT
通讯作者：
Jordan CT
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
从微阵列时程数据中提取二进制信号。
影响因子：
14.9
作者：
Sahoo D;Dill DL;Tibshirani R;Plevritis SK
通讯作者：
Plevritis SK
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
BECKERANDRE, M;HAHLBROCK, K
通讯作者：
HAHLBROCK, K