Major groove binding of the tRNA/mRNA complex to the 16 S ribosomal RNA decoding site.
Major groove binding of the tRNA/mRNA complex to the 16 S ribosomal RNA decoding site.
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tRNA/mRNA 复合物与 16S 核糖体 RNA 解码位点的大沟结合。
DOI：
10.1006/jmbi.1998.2442
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发表时间：
1999
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Harvey,SC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
VanLoock,MS;Easterwood,TR;Harvey,SC
我们提出了一个详细的三维模型，具有原子细节，用于大肠杆菌16 S rRNA解码位点与mRNA以及A和P位点tRNA的复合体的结构。模型的建立首先基于四个基本假设：（1）A和P位点tRNA的构象与tRNA晶体结构中的构象相同;（2）A和P位点tRNA在与核糖体中的mRNA结合时采用S型取向;（3）A1492和A1493通过一系列氢键与mRNA非特异性结合;和（4）C1400位于P-位点tRNA摆动碱基附近，以满足在两个残基之间形成的UV-诱导的光交联。我们有模型与大沟和小沟结合的tRNA/mRNA复合物的解码位点RNA，并得出结论，大沟结合更有可能。这两类模型保持与结合巴龙霉素的解码位点RNA的A-位点区域的NMR结构中报告的结构特征。我们还提出了模型的tRNA/mRNA复合物结合的解码位点RNA的存在下，氨基糖苷巴龙霉素。我们讨论了可能的机制，核糖体的证明阅读和抗生素破坏这种证明阅读。
We propose a detailed three-dimensional model, with atomic detail, for the structure of the Escherichia coli 16 S rRNA decoding site in a complex with mRNA and the A and P-site tRNAs. Model building began with four primary assumptions: (1) A and P-site tRNA conformations are identical with those seen in the tRNA crystal structure; (2) A and P-site tRNAs adopt an S-type orientation upon binding mRNA in the ribosome; (3) A1492 and A1493 bind non-specifically to the mRNA through a series of hydrogen bonds; and (4) C1400 lies in close proximity to the P-site tRNA wobble base in order to satisfy a UV-induced photocrosslink formed between the two residues. We have models with both major groove and minor groove binding of the tRNA/mRNA complex to the decoding site RNA, and conclude that major groove binding is more likely. Both classes of models maintain structural features reported in the NMR structure of the A-site region of the decoding site RNA with bound paromomycin. We also present models for the tRNA/mRNA complex bound to the decoding site RNA in the presence of the aminoglycoside paromomycin. We discuss possible mechanisms for ribosomal proof reading and antibiotic disruption of this proofreading.
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