Using multistate free energy techniques to improve the efficiency of replica exchange accelerated molecular dynamics.
Using multistate free energy techniques to improve the efficiency of replica exchange accelerated molecular dynamics.
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DOI：
10.1002/jcc.21285
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发表时间：
2009-08
影响因子：
3
通讯作者：
McCammon, J. Andrew
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fajer, Mikolai;Swift, Robert V.;McCammon, J. Andrew
副本交换加速分子动力学（REXAMD）是一种增强构象采样的方法，同时保留至少一个副本的原始潜力，从而避免指数重新加权的统计问题。在本文中，我们研究了三种可以结合加速副本的数据来增强对原始潜力的属性估计的方法：加权直方图分析方法（WHAM）、成对多状态贝内特接受比（PBAR）和多状态贝内特接受比（MBAR）。我们证明，最有效地利用 REXAMD 模拟平衡数据的方法是 MBAR 方法。这一观察结果适用于炼金术自由能和结构可观察预测。 REXAMD 和 MBAR 的结合应该可以更有效地将 REXAMD 方法扩展到更大的生物聚合物系统。
Replica exchange accelerated molecular dynamics (REXAMD) is a method that enhances conformational sampling while retaining at least one replica on the original potential, thus avoiding the statistical problems of exponential reweighting. In this paper we study three methods that can combine the data from the accelerated replicas to enhance the estimate of properties on the original potential: weighted histogram analysis method (WHAM), pairwise multistate Bennett acceptance ratio (PBAR), and multistate Bennett acceptance ratio (MBAR). We show that the method that makes the most efficient use of equilibrium data from REXAMD simulations is the MBAR method. This observation holds for both alchemical free energy and structural observable prediction. The combination of REXAMD and MBAR should allow for more efficient scaling of the REXAMD method to larger biopolymer systems.
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影响因子：
2.8
作者：
BEUTLER, TC;MARK, AE;VANGUNSTEREN, WF
通讯作者：
VANGUNSTEREN, WF
DOI：
10.1198/016214504000001664
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
3.7
作者：
Tan, ZQ
通讯作者：
Tan, ZQ
影响因子：
4.4
作者：
Fukunishi, H;Watanabe, O;Takada, S
通讯作者：
Takada, S
影响因子：
3.3
作者：
Maragakis, Paul;Lindorff-Larsen, Kresten;Shaw, David E.
通讯作者：
Shaw, David E.
影响因子：
4.4
作者：
Hamelberg, D;Mongan, J;McCammon, JA
通讯作者：
McCammon, JA