单核细胞增多性李斯特菌新疆分离株 lmo0159 基因克隆及生物信息学分析
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期刊：
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通讯作者：
李红欢
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作者：
张奇文;凌晨;马勋;杜冬冬;钱凌霄;李红欢
采用 PCR 方法对 lmo0159 基因进行扩增、克隆及序列测定，通过应用在线 EXPASTY Proteomic，SOSUI，SMART，SignalP，TMHMM，SOPMA 及 ProtFun 等程序，同时结合 DNAMAN 和 DNAStar 生物信息学软件，对 LM90SB2 菌株 lmo0159 基因进行序列分析，并对其编码蛋白质的空间结构和功能预测。结果表明，分离株 LM90SB2 的 lmo0159 基因序列全长为 2 070 bp，包含 1 851 bp 开放阅读框，共编码 617 个氨基酸；序列同源比对显示，LM90SB2 菌株 lmo0159 基因核苷酸和氨基酸序列与 4b 型参考菌株同源性均较高，分别为 99.1%~100.0%和 99.7%~100.0%。系统进化树显示，LM90SB2 菌株 lmo0159 基因核苷酸序列与 LM3、LM9、LM11、LM12、F2365、188、NSTN、H34、hs2008、LL195 和 2306 等菌株聚为同一支，说明它们的亲缘关系比较近。lmo0159 蛋白质是一种偏酸性、稳定、亲水性蛋白质，其二级结构是混合型，其中无规则卷曲最多，无跨膜区域，无信号肽区域，但含有 1 个胶原蛋白结合域和 3 个 Cna B 结构域。功能分析显示：lmo0159 蛋白质在氨基酸生物合成、酶代谢、脂肪酸代谢、免疫应答和胁迫应答等方面的几率均较高。本研究成功克隆LM90SB2 lmo0159 基因，为进一步研究 LM90SB2 的 lmo0159 基因功能提供了帮助。