Using DNA from formaldehyde-preserved Daphnia to reconstruct past populations
Using DNA from formaldehyde-preserved Daphnia to reconstruct past populations
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使用甲醛保存的水蚤 DNA 重建过去的种群
DOI：
10.1007/s10750-019-04015-0
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
2.6
通讯作者：
Piet Spaak
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Patrick Turko;Justyna Wolinska;Christoph Tellenbach;Marcin Krzysztof Dziuba;Marie-Eve Monchamp;Piet Spaak
我们比较了thophnia longispina杂交群落的分类组成，作为重建休眠卵（从沉积物样品中检索）和浮游生物种群（从formended-preserved浮游动物样品中检索），从同一个湖泊和同一时期。由于微卫星标记不起作用的大部分片段的DNA，如甲醛保存的样品，这两种类型的样品（休眠卵和pelagicDaphnia）进行了筛选与单核苷酸多态性（SNP）标记。在这里，我们设计了一个基因分型面板的短SNP-轴承扩增子，以方便筛选，我们开发了一个多重基因分型协议。这一比较的结果证实了休眠样本和水层样本之间的差异。具体来说，D. galeata在沉积卵库中的比例高于远洋种群，表明该分类群比其他分类群更多地参与有性生殖。除了成功应用于甲醛保存的样本外，SNP基因分型比沉积蛋微卫星更有效，并且对于混合检测更敏感。总之，这里提出的基于SNP的基因分型面板能够研究过去的种群的遗传结构，从常见的formides-preserved收藏。这也是有希望的基因分型老休眠蛋，这可以扩大时间范围的Daphniacompatibility重建。
We compared taxon composition of theDaphnia longispinahybrid community, as reconstructed from dormant eggs (retrieved from sediment samples) and the pelagic population (retrieved from formaldehyde-preserved zooplankton samples), from the same lake and of the same time period. As microsatellite markers do not work on largely fragmented DNA, such as of formaldehyde-preserved samples, both types of samples (dormant eggs and pelagicDaphnia) were screened with single-nucleotide polymorphism (SNP) markers. Here, we designed a genotyping panel of short SNP-bearing amplicons and, to facilitate screening, we developed a multiplex genotyping protocol. The results of this comparison confirmed differences between dormant and pelagic samples. Specifically,D. galeatawas overrepresented in the sedimentary egg bank in comparison to the pelagic population, indicating that this taxon is more involved in sexual reproduction than other taxa. In addition to being successfully applied on formaldehyde-preserved samples, SNP-genotyping was more efficient than microsatellites on sedimentary eggs, and was more sensitive for hybrid detection. In conclusion, the SNP-based genotyping panel presented here enables to study the genetic structure of past populations from common formaldehyde-preserved collections. It is also promising for genotyping old dormant eggs, which can extend the temporal range ofDaphniacommunity reconstructions.
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影响因子：
4.9
作者：
Xiaolin Ma;Wei Hu;P. Šmilauer;Mingbo Yin;J. Wolinska
通讯作者：
Xiaolin Ma;Wei Hu;P. Šmilauer;Mingbo Yin;J. Wolinska
DOI：
10.1098/rspb.2006.3523
发表时间：
2006-08
期刊：
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences
影响因子：
--
作者：
J. Wolinska;Kerstin Bittner;D. Ebert;P. Spaak
通讯作者：
J. Wolinska;Kerstin Bittner;D. Ebert;P. Spaak
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影响因子：
2.1
作者：
Rusek J;G. Ayan;P.W. Turko;C. Tellenbach;S. Giessler;P. Spaak;J. Wolinska
通讯作者：
J. Wolinska
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DOI：
--
发表时间：
1995
期刊：
影响因子：
--
作者：
P. Spaak;J. Hoekstra
通讯作者：
J. Hoekstra
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DOI：
10.1007/bf02551941
发表时间：
1985
期刊：
Swiss journal of hydrology
影响因子：
--
作者：
H. Bürgi;P. Weber;H. Bachmann
通讯作者：
H. Bachmann