DRISEE overestimates errors in metagenomic sequencing data.
DRISEE overestimates errors in metagenomic sequencing data.
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DOI：
10.1093/bib/bbt010
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发表时间：
2014-09
影响因子：
9.5
通讯作者：
Sogin ML
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eren AM;Morrison HG;Huse SM;Sogin ML
Keegan等人在“A platform-independent method for detecting errors in metagenomic sequencing data：DRISEE”（PLoS Comput Biol 2012;8：e1002541）中报告的许多下一代测序数据集的极高错误率促使我们重新检查他们的结果。我们的分析表明，保守的人工序列的存在下，例如Illumina适配器，和其他天然存在的序列基序占大多数报告的错误。我们得出结论，DRISEE报告了夸大的测序错误水平，特别是对于Illumina数据。用于评估大型数据集的工具在实施之前需要进行严格的审查。
The extremely high error rates reported by Keegan et al. in ‘A platform-independent method for detecting errors in metagenomic sequencing data: DRISEE’ (PLoS Comput Biol 2012;8:e1002541) for many next-generation sequencing datasets prompted us to re-examine their results. Our analysis reveals that the presence of conserved artificial sequences, e.g. Illumina adapters, and other naturally occurring sequence motifs accounts for most of the reported errors. We conclude that DRISEE reports inflated levels of sequencing error, particularly for Illumina data. Tools offered for evaluating large datasets need scrupulous review before they are implemented.
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