General Monte Carlo Computer Simulation of Subcellular Biochemical Signaling

亚细胞生化信号转导的通用蒙特卡罗计算机模拟

基本信息

项目摘要

9603611 Sejnowski MCell is a general purpose software tool that allows users to accurately simulate a wide variety of the signaling processes carried out by living cells. Many cells secrete signal molecules that are detected by receptor molecules on the surfaces of other cells. Since this involves diffusion of the signal molecule over a distance between the cells, it is necessary to take into account the shapes of the cells and the locations of the molecules to accurately predict the speed and strength of signaling. MCell is unique in its generality and in the way it simulates cellular signaling using random numbers and probabilities, a so-called "Monte Carlo" method. MCell has already been used to simulate synapses, which are specialized microscopic structures where communication takes place between nerve cells, called neurons. It can also be used for more general cellular signaling between and within cells, not just neurons, so it will be useful to a wide range of scientists who are interested in problems such as how cells divide and how this process may be subverted in the case of cancer. MCell will be tested initially by a group of scientists who want to use it to answer questions that arise in their research into signaling between neurons. This will help in making the program easier to use and more flexible in its application to an even wider range of biological and chemical problems. Two educational workshops will be held to teach scientists how to use MCell and to exchange ideas and results obtained with MCell.
小行星9603611 MCell是一个通用的软件工具,允许用户准确地模拟活细胞进行的各种信号传导过程。 许多细胞分泌信号分子,这些信号分子被其他细胞表面的受体分子检测到。 由于这涉及信号分子在细胞之间的距离上的扩散,因此有必要考虑细胞的形状和分子的位置,以准确预测信号的速度和强度。MCell的独特之处在于它的通用性,以及它使用随机数和概率来模拟细胞信号的方式,即所谓的“蒙特卡罗”方法。MCell已经被用来模拟突触,突触是一种特殊的微观结构,在神经细胞(称为神经元)之间进行通信。 它还可以用于细胞之间和细胞内的更一般的细胞信号传导,而不仅仅是神经元,因此它将对那些对细胞如何分裂以及这一过程如何在癌症中被颠覆等问题感兴趣的科学家有用。 MCell最初将由一组科学家进行测试,这些科学家希望用它来回答他们在研究神经元之间信号传递时出现的问题。 这将有助于使程序更容易使用,更灵活地应用于更广泛的生物和化学问题。 将举办两个教育讲习班,向科学家教授如何使用MCell,并交流想法和用MCell获得的成果。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Terrence Sejnowski其他文献

Activity dependent modulation of synaptic transmission by presynaptic calcium stores: A dichotomy of short-term depression and facilitation
  • DOI:
    10.1186/1471-2202-14-s1-p351
  • 发表时间:
    2013-07-08
  • 期刊:
  • 影响因子:
    2.300
  • 作者:
    Suhita Nadkarni;Thomas Bartol;Herbert Levine;Terrence Sejnowski
  • 通讯作者:
    Terrence Sejnowski
MCell Model of Presynaptic Calcium Dynamics Predicts the Structural Correlates of Short-term Synaptic Plasticity
  • DOI:
    10.1016/j.bpj.2008.12.3482
  • 发表时间:
    2009-02-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
  • 作者:
    Suhita Nadkarni;Thomas Bartol;Terrence Sejnowski;Hebert Levine
  • 通讯作者:
    Hebert Levine
1. How Are Memories Consolidated During Sleep and Why Do We Dream?
  • DOI:
    10.1016/j.biopsych.2017.02.012
  • 发表时间:
    2017-05-15
  • 期刊:
  • 影响因子:
  • 作者:
    Terrence Sejnowski
  • 通讯作者:
    Terrence Sejnowski
The effects of audiovisual inputs on solving the cocktail party problem in the human brain: An fMRI study
  • DOI:
    DOI: 10.1093/cercor/bhx235
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
  • 影响因子:
  • 作者:
    Yuanqing Li;Fangyi Wang;Yongbin Chen;Andrzej Cichocki;Terrence Sejnowski
  • 通讯作者:
    Terrence Sejnowski

Terrence Sejnowski的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Terrence Sejnowski', 18)}}的其他基金

NCS-FO: Collaborative Research: Computational Analysis of Synaptic Nanodomains
NCS-FO:协作研究:突触纳米域的计算分析
  • 批准号:
    2219979
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Standard Grant
NeuroNex Research Program Workshop, San Diego, California, November 7-8, 2018
NeuroNex 研究计划研讨会,加利福尼亚州圣地亚哥,2018 年 11 月 7-8 日
  • 批准号:
    1901715
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Standard Grant
NCS-FO: Collaborative Research: Integrative Foundations for Interactions of Complex Neural and Neuro-Inspired Systems with Realistic Environments
NCS-FO:协作研究:复杂神经和神经启发系统与现实环境相互作用的综合基础
  • 批准号:
    1735004
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Standard Grant
EAGER: Collaborative Research: Non-Local Cortical Computation and Enhanced Learning with Astrocytes
EAGER:协作研究:非局部皮质计算和星形胶质细胞增强学习
  • 批准号:
    1344471
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Machine learning algorithms for analyzing auditory scenes with multiple sound sources
用于分析具有多个声源的听觉场景的机器学习算法
  • 批准号:
    0535251
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
Active Visual Depth Perception by Looming
Looming 的主动视觉深度感知
  • 批准号:
    0096790
  • 财政年份:
    2001
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Standard Grant
IGERT Full Proposal: Computational Neurobiology Graduate Program
IGERT 完整提案:计算神经生物学研究生项目
  • 批准号:
    9987614
  • 财政年份:
    2000
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
General Monte Carlo Computer Simulation of Subcellular Biochemical Signaling: Phase II
亚细胞生化信号转导的通用蒙特卡罗计算机模拟:第二阶段
  • 批准号:
    9985964
  • 财政年份:
    2000
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
Active Visual Depth Perception by Looming
Looming 的主动视觉深度感知
  • 批准号:
    9975048
  • 财政年份:
    1999
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Workshop on Neuromorphic Engineering; June 25, 1995 - July 8, 1995; Telluride, Colorado
神经形态工程研讨会;
  • 批准号:
    9511637
  • 财政年份:
    1995
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Continuing Grant

相似国自然基金

DDH头臼匹配性三维空间形态表征及PAO 手术髋臼重定向Monte Carlo随机最优控 制
  • 批准号:
  • 批准年份:
    2025
  • 资助金额:
    10.0 万元
  • 项目类别:
    省市级项目
基于鞘层Monte Carlo粒子仿真模型的非稳态真空弧等离子体羽流的内外流一体化数值模拟研究
  • 批准号:
    12372297
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    53 万元
  • 项目类别:
    面上项目
复杂空间上具有特殊约束的Monte Carlo方法
  • 批准号:
    12371269
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    43.5 万元
  • 项目类别:
    面上项目
基于格子Boltzmann和Monte Carlo方法的中子输运本构关系及低维控制方程研究
  • 批准号:
  • 批准年份:
    2022
  • 资助金额:
    30 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
在大数据和复杂模型背景下探究更有效的Markov chain Monte Carlo算法
  • 批准号:
    n/a
  • 批准年份:
    2022
  • 资助金额:
    10.0 万元
  • 项目类别:
    省市级项目
基于Monte Carlo模拟的铒基稀土高掺杂纳米材料上转换发光过程的机理研究
  • 批准号:
  • 批准年份:
    2021
  • 资助金额:
    30 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
嵌段共聚物在软硬壁组成的受限空间中的诱导自组装行为的Monte Carlo 研究
  • 批准号:
    21863010
  • 批准年份:
    2018
  • 资助金额:
    41.0 万元
  • 项目类别:
    地区科学基金项目
间接优化的高效Monte Carlo声传播研究
  • 批准号:
    61772458
  • 批准年份:
    2017
  • 资助金额:
    16.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
基于Monte Carlo法强化管表面颗粒-析晶垢形成机理及预测模型研究
  • 批准号:
    51606049
  • 批准年份:
    2016
  • 资助金额:
    21.0 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
任意各向异性三维直流电阻率巷道超前探测的并行Monte Carlo方法研究
  • 批准号:
    41674076
  • 批准年份:
    2016
  • 资助金额:
    70.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目

相似海外基金

Collaborative Research: Aggregated Monte Carlo: A General Framework for Distributed Bayesian Inference in Massive Spatiotemporal Data
合作研究:聚合蒙特卡罗:海量时空数据中分布式贝叶斯推理的通用框架
  • 批准号:
    2220840
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Collaborative Research: Aggregated Monte Carlo: A General Framework for Distributed Bayesian Inference in Massive Spatiotemporal Data
合作研究:聚合蒙特卡罗:海量时空数据中分布式贝叶斯推理的通用框架
  • 批准号:
    1854662
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Collaborative Research: Aggregated Monte Carlo: A General Framework for Distributed Bayesian Inference in Massive Spatiotemporal Data
合作研究:聚合蒙特卡罗:海量时空数据中分布式贝叶斯推理的通用框架
  • 批准号:
    1854667
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Standard Grant
SI2-SSE: Development of Cassandra, A General, Efficient and Parallel Monte Carlo Multiscale Modeling Software Platform for Materials Research
SI2-SSE:Cassandra 的开发,一个用于材料研究的通用、高效、并行蒙特卡罗多尺度建模软件平台
  • 批准号:
    1339785
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Standard Grant
General Approach for Network-on-Chip Based Acceleration of Monte Carlo Simulation
基于片上网络的蒙特卡罗仿真加速的通用方法
  • 批准号:
    427030-2012
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Postgraduate Scholarships - Doctoral
General Approach for Network-on-Chip Based Acceleration of Monte Carlo Simulation
基于片上网络的蒙特卡罗仿真加速的通用方法
  • 批准号:
    427030-2012
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Postgraduate Scholarships - Doctoral
A Research on General Purpose Fast Monte Carlo Tree Search
通用快速蒙特卡罗树搜索的研究
  • 批准号:
    23700158
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
General Markov chain theory and the convergence properties of Markov chain Monte Carlo algorithms
一般马尔可夫链理论和马尔可夫链蒙特卡罗算法的收敛性质
  • 批准号:
    155744-2003
  • 财政年份:
    2007
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
General Markov chain theory and the convergence properties of Markov chain Monte Carlo algorithms
一般马尔可夫链理论和马尔可夫链蒙特卡罗算法的收敛性质
  • 批准号:
    155744-2003
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
General Markov chain theory and the convergence properties of Markov chain Monte Carlo algorithms
一般马尔可夫链理论和马尔可夫链蒙特卡罗算法的收敛性质
  • 批准号:
    155744-2003
  • 财政年份:
    2005
  • 资助金额:
    $ 44.88万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了