Acquisition of a DNA Microarray Printer and Scanner

购置 DNA 微阵列打印机和扫描仪

基本信息

  • 批准号:
    0420504
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 14.5万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
    Standard Grant
  • 财政年份:
    2004
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2004-08-01 至 2007-07-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

A grant has been awarded to the University of Texas at El Paso, under the direction of Dr. Lisa Bain, for support of instrumentation to determine altered gene expression in a variety of organisms in response to different ecological and physiological variables. Understanding what genes are changed helps to better characterize effects on organismal functions such as reproduction, growth, and development, and how these alterations will ultimately affect the organism, population, or community as a whole. The equipment requested includes an automated microarrayer and an array reader/scanner, plus the analysis software. While commercially available microarrays for human or mouse genes exist, these types of arrays are not available in alternative model species, including many microorganisms, fish, and snakes, as well as genes for targeted applications, such as neurobiology. Therefore, a microarray spotter and reader are necessary for the custom construction and analysis of these types of microarrays.Uses of the proposed equipment would include training in bioinformatics courses and research in ecology, microbiology, physiology, endocrinology, and neurobiology. For example, studies attempting to discern the mechanisms of osmoregulation and adaptation to other environmental pressures in two estuarine fish species, using both custom-made arrays and in collaboration with the Genipol project in Europe. Rattlesnake venom and other toxins are being investigated to how understand how snake venom toxin composition may reflect evolutionary species distribution. Other investigators are collaborating on the genome project for the protist Giardia, examining how a different microorganism, Bacillus subtilis, controls sporulation, and what genes confer chlorine resistance to mycobacteria and enterohemoragic E. coli O157:H7. In terms of endocrinology and neurobiology, several investigators are examining gene expression changes in mammary glands following exposure estradiol and estrogen receptor antagonists. In addition, several of the co-investigators are developing statistical methodology for identifying genes that best discriminate the different groups among individual, as well as developing a curriculum in bioinformatics with more hands-on emphasis on microarray methods in post-genomic analysis. The University of Texas at El Paso is a minority-serving institution for approximately 18,500 students (including 3,500 graduate students), of which 75% are of Hispanic descent. Because of the high percentage of minority students and its location on the US-Mexico border, UTEP is a national leader in the education and training of Hispanic scientists. Support of this grant will be used to train a number of post-doctoral associates, graduate students, and undergraduate students on research using the instrumentation. Hand-on training will occur specifically in our Post-Genomic Analysis class, with the students conducting a complete, hands-on array experiment from start to finish, while two other classes will make use of already scanned arrays, performing statistical analysis and interpretation of data sets. With access to this state-of-the-art instrumentation, UTEP will produce well-trained students capable of serving the science needs of the region and the nation.
在丽莎贝恩博士的指导下,向位于埃尔帕索的得克萨斯大学提供了一笔赠款,用于支持仪器的使用,以确定各种生物体中因不同的生态和生理变量而改变的基因表达。了解哪些基因被改变有助于更好地描述对生物体功能的影响,如生殖,生长和发育,以及这些改变最终将如何影响生物体,种群或整个社区。 所要求的设备包括一个自动化微阵列仪和一个阵列阅读器/扫描仪,以及分析软件。虽然存在用于人类或小鼠基因的商业微阵列,但这些类型的阵列在替代模型物种中不可用,包括许多微生物,鱼和蛇,以及用于靶向应用的基因,如神经生物学。 因此,微阵列点样器和阅读器对于定制这些类型的微阵列的构建和分析是必要的,拟议设备的用途将包括生物信息学课程的培训和生态学、微生物学、生理学、内分泌学和神经生物学的研究。 例如,利用定制的阵列并与欧洲的Genipol项目合作,进行了一些研究,试图弄清两种河口鱼类的生物调节和适应其他环境压力的机制。人们正在研究响尾蛇毒液和其他毒素,以了解蛇毒毒素成分如何反映进化物种分布。 其他研究人员正在合作进行原生生物贾第虫的基因组计划,研究不同的微生物枯草芽孢杆菌如何控制孢子形成,以及哪些基因赋予分枝杆菌和肠出血性大肠杆菌对氯的抗性。coli O157:H7。 在内分泌学和神经生物学方面,一些研究人员正在研究暴露于雌二醇和雌激素受体拮抗剂后乳腺中基因表达的变化。 此外,几位共同研究者正在开发统计方法,用于识别最能区分个体之间不同群体的基因,以及开发生物信息学课程,其中更多地强调后基因组分析中的微阵列方法。德克萨斯大学埃尔帕索分校是一所少数民族服务机构,约有18,500名学生(包括3,500名研究生),其中75%是西班牙裔。由于少数民族学生的比例很高,并且位于美国-墨西哥边境,UTEP是西班牙裔科学家教育和培训的国家领导者。 该补助金的支持将用于培训一些博士后助理,研究生和本科生使用仪器进行研究。动手培训将专门发生在我们的后基因组分析类,与学生进行一个完整的,动手阵列实验从开始到结束,而另外两个类将利用已经扫描的阵列,进行统计分析和数据集的解释。 通过使用这种最先进的仪器,UTEP将培养出训练有素的学生,能够满足该地区和国家的科学需求。

项目成果

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    0
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  • 财政年份:
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    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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