RNA-Parafold: Algorithms and Web Server for Parametric Aspects of RNA Secondary Structure

RNA-Parafold:RNA 二级结构参数方面的算法和 Web 服务器

基本信息

  • 批准号:
    0543506
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 74.78万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
    Continuing Grant
  • 财政年份:
    2006
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2006-04-01 至 2011-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

Boston College is awarded a grant to focus on novel parametric aspects of RNA secondary structure. Specifically, algorithms to compute the partition function, base pairing probability, and statistically valid sampled structures for parameterized folding problems related to mutagens of a given RNA sequence, neighbors of a given RNA structure, locally optimal structures, structures having hairpin loops. Public access to all algorithms will be provided through a unified web server, to be called RNA-parafold, where source code will additionally be made available. By focusing on aspects of RNA folding distinct from those of minimum free energy or of the low energy ensemble at thermodynamic equilibrium, the proposed research will have significant impact on the understanding of RNA, nucleation sites, folding landscapes, design of RNA sequences having desired folding properties, detection of RNA conformational switches, detection of cis-regulatory motifs, and target-probe hybridization in gene expression microarrays. The tools to be developed in RNA-parafold will be of broader use to structural biology, computational chemistry and computational drug design. Broad impact at the undergraduate and graduate level will be ensured by courses and training opportunities offered at Boston College, which provide special opportunities for females and minorities.
波士顿学院获得了一笔赠款,专注于RNA二级结构的新参数方面。具体而言,算法来计算分区函数,碱基配对概率,和统计上有效的采样结构的参数化折叠问题有关的诱变剂的给定RNA序列,给定RNA结构的邻居,局部最优结构,具有发夹环的结构。所有算法的公开访问将通过一个统一的网络服务器提供,称为RNA-parafold,其中还将提供源代码。通过专注于RNA折叠的方面不同于那些最小自由能或低能量合奏在热力学平衡,拟议的研究将有显着的影响的理解RNA,成核位点,折叠景观,设计的RNA序列具有所需的折叠特性,检测RNA构象开关,检测顺式调控基序,和基因表达微阵列中的靶探针杂交。在RNA-parafold中开发的工具将在结构生物学、计算化学和计算药物设计中有更广泛的用途。波士顿学院提供的课程和培训机会将确保在本科生和研究生一级产生广泛影响,为女性和少数民族提供特别机会。

项目成果

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