修飾塩基を持つRNAの情報解析基盤技術の開発
碱基修饰RNA信息分析基础技术开发
基本信息
- 批准号:21H04912
- 负责人:
- 金额:$ 27.04万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
- 财政年份:2021
- 资助国家:日本
- 起止时间:2021-04-05 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
生体内に存在する膨大な種類のRNAは、転写後に様々な修飾を受けることで機能・活性が変化している。修飾塩基の含むRNAの2次構造エネルギーパラメータの同定とそのソフトウェアへの組み込み、1分子シークエンサー による修飾塩基検出技術の開発、およびmRNAの修飾塩基による翻訳効率変化の予測を行うことにより、全転写産物規模でのRNA修飾(エピトランスクリプトーム)に対応したRNAの情報解析基盤を構築することを目指して研究を行なった。既に開発した様々なRNA2次構造情報解析ソフトウェアを基盤として、修飾塩基を含むRNAの2次構造情報解析を実現するため、塩基対測定実験の結果から、2次構造エネルギーパラメータを推定する手法のプロトタイプを開発した。また、機械学習を取り入れたエネルギーパラメータ推定の理論的検討を行なった。さらに、RNA配列中の修飾の種類・位置を同定するため、1分子シークエンサによる修飾塩基検出技術の開発: 修飾塩基に対応した1分子シークエンサーのベースコールを行うための確率モデルを構築した。RNA 2次構造は細胞の中で揺らぎ、確率的な振る舞いをする。機能的に重要なRNA2次構造を抽出する有力な方法の1つは、多数の相同RNA配列の構造アラインメントから共通構造を探索することである。そこで、2次構造の熱力学的な確率分布と、アラインメントの確率分布を同時分布として扱うソフトウェアを開発した。さらに、2次構造と機能の関係を正確に分析するために、この確率的な揺らぎを考慮して機能を重要な関係をもつ2次構造特徴を抽出する手法を開発した。
There are different kinds of RNA in vivo, such as RNA, RNA The development of modified RNA based detection technology, the prediction of mRNA based modification, the construction of RNA based information analysis base, and the construction of RNA based information analysis base. The analysis of RNA secondary structure information is based on the analysis of RNA secondary structure information, and the analysis of RNA secondary structure information is based on the analysis of RNA secondary structure information. The theory of mechanical learning is introduced. In addition, the type and position of the modification in the RNA sequence are determined. The development of the modification base detection technology is based on the determination of the accuracy of the modification base. RNA secondary structure is responsible for the cell's smooth and accurate vibration. A powerful method for extracting the secondary structure of functionally important RNAs is to explore the common structure of most of the same RNA arrays. The thermodynamic accuracy distribution of the second and third order structures is simultaneously distributed. The relationship between secondary structure and function should be analyzed correctly, and the method of extracting secondary structure characteristics should be developed.
项目成果
期刊论文数量(2)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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