新奇構造を有するRNAウイルス複製酵素の機能・普遍性の解明

阐明具有新颖结构的RNA病毒复制酶的功能和通用性

• 批准号: 21J10873
• 负责人: 千葉 悠斗
• 金额: $ 0.96万
• 依托单位: University of Tsukuba
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-28 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21J10873/
• 关键词: RNAウイルス; RdRp; 公共データベース; マイコウイルス; 糸状菌

本研究の目的は分割型RdRpの機能と普遍性を明らかにし、その実態について迫ることである。本年度は主に分割型RdRpの普遍性の解明に取り組んだ。前年度までに分割型RdRpの分割様式には多様性があることを明らかにしたが、依然として既知の分割型RdRpは糸状菌に感染するNarnaviridae科ウイルスに限られている。そこで、①分割型RdRpを持つウイルスが糸状菌以外の生物にも存在しているのか、②Narnaviridae科ウイルス以外のウイルス科にも分割型RdRpが存在しているのか、この２点の解明を目指した。①の可能性を探るために、原生生物培養株のRNA-seqデータであるMMETSPから分割型RdRpを探索した。探索は、既知の分割型RdRpをもつ糸状菌由来のNarnaviridae科ウイルス配列をqueryに、MMETSP由来のcontigをデータベースにblastp解析することで行った。その結果、珪藻由来の単一のシーケンスライブラリーから分割型RdRpの前半と後半の両方が検出され、分割型RdRpを持つウイルスが糸状菌以外にも存在することが示唆された。公共のシーケンスデータからの解析に加え、独自にFLDS法（RNA-seqなどの従来ほうよりも効率よく分割を構成する2分節の両方を検出可能）で原生生物培養株から取得したシーケンスデータを解析した。結果として、分割型RdRpをもつウイルスは検出されなかった。しかし、この過程でHaloplacidia spから新規のNarnaviridae科ウイルスを検出し、BigyraにもNarmaviridae科ウイルスが存在することを初めて示唆した。②の可能性を探るために、FLDS法（分割を構成する2分節の両方を検出可能）で取得したデータの解析とFLDS法由来のデータの大規模化に備えたメソッドの確立に取り組んだ。これに関しては、データ解析とメソッド確立ともに現在進めている最中である。

The purpose of this study is to clarify the universality of RdRp and its implementation. This year, the universality of RdRp is mainly divided into two groups. In the past year, the segmentation of RdRp has changed the diversity of RdRp, and it is still the same as that of RdRp, which has been known to be infected by Naraviridae. (1) the existence of a segmented RdRp in organisms other than fungi;(2) the existence of a segmented RdRp in families other than Narnavidae; and (3) the existence of a segmented RdRp in organisms other than fungi. (1) To explore the possibility of RNA-seq in protozoan culture strains. To explore the origin of the known segmented RdRp, the Narnaviridae family and the origin of MMETSP, the contig and blastp analysis. The results show that the first half and the second half of the segmented RdRp are detected, and the segmented RdRp is maintained in the same way as the first half of the segmented RdRp. FLDS method (RNA-seq method, RNA-seq method) The result is that the RdRp is divided into two types. Haloplacilia sp., Narnaviridae family, Bigyra family, Narnaviridae family, Narnaviridae family, Narnaviridae (2) The possibility of obtaining data is explored by FLDS method. The most important thing is that we have to be careful.