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RNA切断酵素MazFに着目した硝化微生物の低活性状態への理解

关注RNA切割酶MazF了解硝化微生物的低活性状态

基本信息

批准号：
21J14691
负责人：
葵理恵
金额：
$ 0.96万
依托单位：
Waseda University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-28 至 2023-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21J14691/
关键词：
亜硝酸酸化細菌 Toxin-Antitoxin RNA切断酵素 MazF

项目摘要

本研究では、これまで、Nitrospiraに保存される2種類のRNA切断酵素MazFについてその酵素学的性質を調査した。これらMazFはRNAに対する配列特異性や至適条件が大きく異なるにもかかわらず、いずれのMazFの認識配列もNitrospiraのエネルギー代謝関連遺伝子に有意に多く存在することから、本酵素がNitrospiraの低活性状態への移行に関与することが示唆された。当該年度では、Nitrospiraに保存されるMazFを網羅的に調査すべく、全ゲノムが公開されている主なNitrospiraの単離株および集積培養された種、計11種類についてゲノム解析を行なった。その結果、既に単離された株よりも未だ単離に完全に成功していない集積株の方がMazFの数が多く、本酵素がNitrospiraの単離の難易度に直接的または間接的に影響していることが示唆された。また、本研究の当初の目的である、Nitrospiraの低活性状態への移行の一連の分子メカニズムの解明を達成するため、RT-ddPCRを用いてMazFの発現量の定量実験について条件検討を行い、細胞の培養条件、mRNAの抽出条件、質量分析器の運転条件などを決定した。

This study では, これまで, Nitrospira に save される cut off 2 kinds の RNA enzymes MazF についてその enzyme to learn the nature of the を survey した. これら MazF は RNA にす seaborne る column specificity や to optimum conditions が big きく different なるにもかかわらず, いずれの MazF の meet with column も Nitrospira のエネルギー metabolic masato even heritage 伝 son に intentionally にす more くることから, this enzyme が Nitrospira の low active への transitional に masato and す Youdaoplaceholder0 るとが indicates された. When the annual では, Nitrospira に save される MazF を snare に survey すべく, whole ゲノムが public されている main な Nitrospira の単 from strains および set product training された, 11 species with についてゲノム parsing line をなった. その results, both に単 from された strains よりも not だ単 from にに completely successful していない set product plant の party が MazF のがく more, this enzyme が Nitrospira の単 from の difficulty level に direct または indirect に influence していることが in stopping された. また, this study のの original purpose である, Nitrospira の low active への transitional の for molecular メのカニズムの interpret を reached するため, RT - ddPCR を with いて MazF の発 amount is の quantitative be 験につい検て conditions for をのい, cell culture conditions, mRNA の extraction conditions, quality analyzer の The 転 condition ななをを determines the た.