1億水分子での分子動力学シミュレーションによるマイクロ液滴の変形と分裂挙動の解明
1億水分子での分子動力学シミュレーションによるマイクロ液滴の変形と分裂挙動の解明
批准号:
21K03484
负责人:
古石 貴裕
金额:
$2.58万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份:
2021
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2021-04-01 至 2024-03-31
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英文摘要
1000万-1億水分子を用いた分子動力学(MD)シミュレーションにより、固体表面への水滴衝突の挙動を分子レベルで解析することを目指しており、プログラムの開発を続けている。これまでの研究で、シミュレーションプログラムの大規模水滴系への対応ができたため、6千水分子から、現在使用できる計算機で実行可能な最大となる500万水分子までの系で水滴衝突シミュレーションを行った。その結果、水滴に含まれる水分子数が100万を超えると、より現実に使いような固体表面衝突時の水滴の衝突や分裂過程を再現できることがわかった。これは、水滴が衝突で広がるときの液膜の厚さや分裂するとき小水滴の大きさよりも、十分大きなサイズの水滴を使用できるようになったためであると考えられる。現在使用できる計算機では1億水分子系の実行は難しいため、国内で最速のスーパーコンピュータである「富岳」を使うべく、一般試行課題に申請したところ、申請課題が採択されたため、シミュレーションプログラムの富岳への対応を行った。富岳の CPU は同時に複数の演算を行うSIMD演算機能が搭載されており、シミュレーションプログラムを自動でSIMD演算に対応させることができる。しかし、自動でのSIMD演算対応では機械的に計算をSIMD演算に置き換えるため、最適化には限界がある。そのため、自動ではなくMDシミュレーションで行う計算に合わせて、手動でSIMD演算に対応させた最適化を行ったところ、自動最適化に比べ約2.3倍の高速化を行うことができた。また、富岳において水分子数を増やしたテスト計算を行ったところ、目標としている1億水分子系でシミュレーションを実行することができた。ただし、研究で意味のある結果を得るためには、まだ実行速度が十分でないため、今後も引き続き富岳においてシミュレーションプログラムの高速化を行っていく予定である。
期刊论文(4)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
tree法を用いた大規模水滴系の分子動力学シミュレーションIII
使用树法模拟大型水滴系统的分子动力学III
DOI:
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发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[古石貴裕, 野村昴太郎]
通讯作者:
野村昴太郎
Wetting hysteresis induces effective unidirectional water transport through a fluctuating nanochannel
润湿滞后作用通过波动纳米通道诱导有效的单向水传输
DOI:
10.1039/d2nh00563h
发表时间:
2023
期刊:
Nanoscale Horizons
影响因子:
9.7
作者:
[Arai Noriyoshi, Yamamoto Eiji, Koishi Takahiro, Hirano Yoshinori, Yasuoka Kenji, Ebisuzaki Toshikazu]
通讯作者:
Ebisuzaki Toshikazu
Molecular Dynamics Simulation for Large-Scale Water Droplet Systems Using the Tree Method
使用树法模拟大型水滴系统的分子动力学
DOI:
--
发表时间:
2021
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Takahiro Koishi, Kentaro Nomura]
通讯作者:
Kentaro Nomura
分子動力学シミュレーションを用いた疎水相互作用による泡生成の研究
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批准号:17740261
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项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额:$2.24万
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财政年份:2005
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负责人:古石 貴裕
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依托单位:
海外基金