Structural probing of RNA G-quadruplex structures in vivo

体内 RNA G 四链体结构的结构探测

• 批准号: 21K05314
• 负责人: 石塚 匠
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: University of Miyazaki
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05314/
• 关键词: グアニン四重鎖構造; RNA; セリウム; グアニン四重鎖

本研究は、RNAグアニン四重鎖構造(rG4)をヌクレオチドレベルの分解能で検出可能な技術を開発することを目標としている。前年度まで、Ce(IV)/EDTAを用いたrG4を標的とする構造解析法を確立した。本年度においては、開発した構造解析法の実用性および汎用性を評価するため、テロメアRNA配列や神経変性疾患におけるリピート配列、mRNAおよび5’UTRにおける配列で形成されるrG4構造に対して本手法を応用した。また、rG4選択性を検証するため、ヘアピン、バルジやインターナルループ構造を有するRNA配列においても検討した。その結果、形成される構造により切断効率が異なることが明らかとなり、rG4選択的に解析できることを実証した。さらに、Ce(IV)/EDTAよるrG4の部位特異的切断の切断機構を明らかにするため、質量分析法により切断断片を調査した。その結果、ホスホジエステル結合は、加水分解的に3’および5’側の両側で起こることが確認された。さらなる詳細に関しては現在解析中である。

The purpose of this study is to explore possible techniques for the development of RNA quadruple lock (rG4). The structural analysis method of Ce(IV)/EDTA was established in the previous year. This year, we evaluated the practicality and general applicability of the developed structure analysis method, and used this method to align telomerase RNA and the rG4 structure formed by the extremely rapid alignment of mRNA and 5 'UTR in neurodegenerative diseases. RG4 selection test results show that there is no RNA alignment test for RG4. The result is that the structure is different, and the analysis of rG4 is different. Investigation on the site-specific cutting mechanism of Ce(IV)/EDTA rG4 by mass spectrometry. The result is that the water is dissolved in water and the water is dissolved in water. Details are in the analysis.

项目成果

蛍光共鳴エネルギー移動（FRET)を利用したin situ hybridization法

使用荧光共振能量转移（FRET）的原位杂交方法

• 发表时间: 2022
• 作者: 石塚 匠;Narantsog Choijookhuu;柴田 恭明;徐 岩;小路 武彦;菱川 善隆
• 通讯作者: 菱川 善隆

In situ hybridization法

原位杂交法

• 发表时间: 2022
• 作者: 菱川 善隆;Narantsog Choijookhuu;石塚 匠;柴田 恭明;小路 武彦
• 通讯作者: 小路 武彦

マウス卵巣における HMGB2 の卵胞形成への関与

HMGB2 参与小鼠卵巢卵泡发生

• 发表时间: 2022
• 作者: 山隈 優;Narantsog Choijookhuu;甲斐 健吾;Fidya;白水 慎一郎;石塚 匠;菱川 善隆
• 通讯作者: 菱川 善隆

病理と臨床

病理学和临床

• 发表时间: 2022
• 作者: 菱川 善隆;Narantsog Choijookhuu;石塚 匠;柴田 恭明;小路 武彦
• 通讯作者: 小路 武彦

Estrogen signaling inhibits intestinal epithelial remodeling through G-Protein Coupled Receptor 30 in DSS-induced colitis in mice

雌激素信号通过 G 蛋白偶联受体 30 在 DSS 诱导的小鼠结肠炎中抑制肠上皮重塑

• 发表时间: 2022
• 作者: Fidya;Narantsog Choijookhuu;Makoto Ikenoue;Koichi Yano;Yu Yamaguma;Shinichiro Shirouzu;Kengo Kai;Takumi Ishizuka;Yoshitaka Hishikawa
• 通讯作者: Yoshitaka Hishikawa