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細胞老化過程におけるゲノム構造変化のヌクレオソームレベルでの理解

在核小体水平上了解细胞衰老过程中的基因组结构变化

基本信息

批准号：
21K05512
负责人：
大野雅恵
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、老化前後の出芽酵母に対してHi-CO解析を行うことで、老化に伴うゲノム構造変化をヌクレオソーム・遺伝子・染色体のレベルでとらえることを目的とする。そこで、対数増殖期の酵母、および老化細胞として長期培養し増殖静止期に入った酵母を用いた。Hi-CO法では、化学固定した酵母をMicrococcal nuclease (MNase) で処理し、ゲノムをヌクレオソームサイズに切断した後に、DNAアダプターをヌクレオソーム上のゲノムDNAに結合させ、このアダプター同士を結合させることで空間的に近い位置にあるヌクレオソーム同士を連結する。この連結したゲノム配列を次世代シークエンサーを用いて解読することで、ヌクレオソーム同士の空間的な距離を調べる。増殖期と静止期の酵母では、細胞壁の厚さやクロマチンのアクセシビリティが異なる。そのため、細胞壁破砕やMNase処理条件などのHi-CO法における各ステップを、増殖期と静止期のそれぞれの酵母において最適化する必要があった。また、最終産物である連結したヌクレオソームの収量が低いことが問題としてあったため、この点を改善するために、使用する酵素の変更や、DNAアダプターの配列を変更することで、Hi-CO法の各ステップの改良を行いヌクレオソームの連結効率を上げる検討を試みた。その結果、ヌクレオソーム同士の連結率を上昇させることができた。これら条件検討・改良を行った後に、老化した酵母を用いてHi-CO解析を実施した。

In this study, budding yeasts before and after aging were analyzed for Hi-CO, and aging was accompanied by structural changes in chromosomes. Yeast in growth phase, aging cells and yeast in growth quiescent phase after long-term culture The Hi-CO method is used to chemically immobilize yeast, micrococcus nuclease (MNase), and to isolate DNA from yeast. This link is configured for the next generation, and the next generation is configured for the next generation, and the next generation is configured for the next generation. Yeast growth period and resting period, cell wall thickness, cell wall thickness, cell wall It is necessary to optimize the conditions of cell wall breakdown and MNase treatment by Hi-CO method. The final product is linked to the lower end of the chain, the higher the link efficiency, the higher the enzyme efficiency, the higher the DNA alignment. As a result, the link rate of the same person increased. The conditions for the development of Hi-CO analysis are as follows: