Development of a translational correction method for resolutional improvement of nucleosome maps

开发用于核小体图谱分辨率改进的平移校正方法

• 批准号: 21K05505
• 负责人: 加藤 太陽
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Shimane University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05505/
• 关键词: ヌクレオソーム; DNA; 並進補正; マイクロコッカルヌクレアーゼ; ヒストン; エピジェネティクス; ソフトウェア

本研究は、実験的に得られたNCPの位置情報をソフトウェアレベルで補正する手法の確立を目指している。前年度に引き続き、MNaseによる切断パターンの詳細な検討を行い、適切にヌクレオソームを選抜すればケミカルマッピングに匹敵する解像度でヌクレオソームDNAを調査できることを確かめた。ただし、この手法はMNase切断バイアスと相性の良いヌクレオソームしか対象とすることができず、並進配置補正の必要性が高いことが裏付けられた。また、MNaseを用いたマッピングから高解像度に得たヌクレオソームDNAの情報とケミカルマッピングで得た情報との比較の結果、ケミカルマッピングがもつ技術的なバイアスが、これまでより明確に浮かび上がった。すなわち、切断箇所近くの短いDNA配列に対してケミカルマッピングは強い嗜好性をもっていた。この事実は、単にケミカルマップを用いて並進補正を行ったとしても、それはケミカルマッピング特有のバイアスを受けた補正になってしまうことを意味していた。これを受けて、ケミカルマッピングによる技術的バイアスを詳細に検討した。並進配置補正精度を高めるため、ヒストンH4-S47CとH3-Q85Cを用いて同定されたヌクレオソームDNAから、両方のメソッドがバイアスをもつ領域を避ける形でキメラ配列を作成し、ハイブリッド確率モデルを構築した。これまでの予測法との比較に加え、生体内でのヌクレオソーム配置の予測精度の調査を行い、これまでより高い精度でヌクレオソーム配置を予測できるようになった。

This study aims to establish a method for correcting the position information of NCP. In the previous year, the number of MNase and DNA fragments was determined. The method of MNase is to cut off the phase and to correct the necessity of configuration. The results of comparison of the information obtained by MNase with the information obtained by high-resolution DNA analysis show that the information obtained by MNase analysis is accurate and accurate. The short DNA sequence of each site is cut off and the strong preference is expressed. This is the first time I've ever seen a person who's been in a relationship with someone who's been in a relationship with someone else. This is a detailed review of the technical aspects of the project. In addition, the configuration correction accuracy is high, and the H4-S47C and H3-Q85C are used for the same determination. The comparison of these prediction methods and the investigation of the prediction accuracy of the in vivo configuration are also discussed.

项目成果

カンザス州立大学(米国)

堪萨斯州立大学（美国）

島根大学医学部病態生化学

岛根大学医学部病理生物化学

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• 发表时间: 2022
• 作者: Koji Katsumata;Yuichi Ichikawa;Tomohiro Fuse;Hitoshi Kurumizaka;Akio Yanagida ;Takeshi Urano;Hiroaki Kato;Mitsuhiro Shimizu;加藤太陽
• 通讯作者: 加藤太陽

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Sequence-dependent nucleosome formation in trinucleotide repeats evaluated by in vivo chemical mapping

通过体内化学作图评估三核苷酸重复中序列依赖性核小体的形成

• DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.03.155
• 发表时间: 2021
• 期刊: Biochem. Biophys. Res. Commun.
• 作者: Koji Katsumata;Yuichi Ichikawa;Tomohiro Fuse;Hitoshi Kurumizaka;Akio Yanagida ;Takeshi Urano;Hiroaki Kato;Mitsuhiro Shimizu
• 通讯作者: Mitsuhiro Shimizu