Development of a translational correction method for resolutional improvement of nucleosome maps

开发用于核小体图谱分辨率改进的平移校正方法

基本信息

批准号：
21K05505
负责人：
加藤太陽
金额：
$ 2.58万
依托单位：
Shimane University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は、実験的に得られたNCPの位置情報をソフトウェアレベルで補正する手法の確立を目指している。前年度に引き続き、MNaseによる切断パターンの詳細な検討を行い、適切にヌクレオソームを選抜すればケミカルマッピングに匹敵する解像度でヌクレオソームDNAを調査できることを確かめた。ただし、この手法はMNase切断バイアスと相性の良いヌクレオソームしか対象とすることができず、並進配置補正の必要性が高いことが裏付けられた。また、MNaseを用いたマッピングから高解像度に得たヌクレオソームDNAの情報とケミカルマッピングで得た情報との比較の結果、ケミカルマッピングがもつ技術的なバイアスが、これまでより明確に浮かび上がった。すなわち、切断箇所近くの短いDNA配列に対してケミカルマッピングは強い嗜好性をもっていた。この事実は、単にケミカルマップを用いて並進補正を行ったとしても、それはケミカルマッピング特有のバイアスを受けた補正になってしまうことを意味していた。これを受けて、ケミカルマッピングによる技術的バイアスを詳細に検討した。並進配置補正精度を高めるため、ヒストンH4-S47CとH3-Q85Cを用いて同定されたヌクレオソームDNAから、両方のメソッドがバイアスをもつ領域を避ける形でキメラ配列を作成し、ハイブリッド確率モデルを構築した。これまでの予測法との比較に加え、生体内でのヌクレオソーム配置の予測精度の調査を行い、これまでより高い精度でヌクレオソーム配置を予測できるようになった。

该研究旨在建立一种在软件级别纠正实验获得的NCP位置信息的方法。从上一年开始，我们通过MNase对裂解模式进行了详细的检查，并确认如果选择了核小体，则可以通过与化学映射相当的分辨率进行核小体DNA。但是，该技术只能靶向与MNase裂解偏置兼容的核小体，从而确认翻译排列校正非常必要。此外，当比较使用MNase在高分辨率下获得的核小体DNA与通过化学映射获得的信息进行比较时，化学映射的技术偏见比以往任何时候都更加清晰。也就是说，化学映射对切割点附近的短DNA序列具有很强的偏爱。这一事实意味着，即使仅使用化学图进行了翻译校正，也会导致化学映射独特的偏差校正。为此，我们详细检查了化学映射引起的技术偏见。为了提高转化比对校正的精度，由使用组蛋白H4-S47C和H3-Q85C鉴定的核小体DNA产生嵌合序列，避免了两种方法有偏置的区域，并构建了混合概率模型。除了将其与先前的预测方法进行比较之外，我们还研究了预测体内核小体放置的准确性，使我们能够以比以前更高的精度预测核小体放置。

项目成果

期刊论文数量（9）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

カンザス州立大学(米国)

堪萨斯州立大学（美国）

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

島根大学医学部病態生化学

岛根大学医学部病理生物化学

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

自分でデータを解析したい

我想自己分析数据

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Koji Katsumata;Yuichi Ichikawa;Tomohiro Fuse;Hitoshi Kurumizaka;Akio Yanagida ;Takeshi Urano;Hiroaki Kato;Mitsuhiro Shimizu;加藤太陽
通讯作者：
加藤太陽

A chimeric chemical model revealed asymmetric DNA pattern in transcribed nucleosomes

嵌合化学模型揭示了转录核小体中的不对称 DNA 模式