CRISPRスペーサー配列解析によるアユ冷水病の起源探索

点击翻译按钮获取中文摘要

F. psychrophilumのCRISPRアレイに関しては，新たにCRISPRアレイ領域のプライマーペアを設計し，約200株のF. psychrophilumのDNAをテンプレートにPCRを行った。得られたPCR産物の塩基配列を決定してCRISPRアレイが確認された配列からスペーサー配列を抽出して，既知のF. psychrophilumファージの塩基配列と比較した。その結果，69株でCRISPRアレイの塩基配列を決定し，リピート配列長は46 bpで全て塩基配列は同一であり，スペーサー配列数は4から21であること，スペーサー配列の多くがファージ由来であることがわかった。さらに，スペーサー配列の並び順について菌株間での比較も行ったところ，3’端側ではで共通性が見られたのに対し，5’端側に行くにつれて変化する傾向が見られた。これは各菌株のファージ感染履歴の違いを反映していることが示唆された。F. psychrophilumのファージに関しては，これまでの分離株数が少ないことから，単離方法について検討した。サンプルには昨年度冷凍保存した河川水と，新たに群馬県の河川水を用い，河川水中に含まれるファージをランダム培養，DNA抽出し，ファージDNAの存在を確認できた。現在，ファージ単離方法について再検討中である。プラスミドに関しては，F. psychrophilum NCIMB1947，FPC814，FPC840およびOKM9802の4株のプラスミドの全塩基配列を次世代シーケンスで決定した。塩基数はそれぞれ2602 bp，3407 bp，4106 bpおよび 5109 bpで，FPC814の3407 bp以外は今回新たに明らかとなった塩基配列であった。また，全てのプラスミドに複製開始タンパク質が存在したが，OKM9802のみにはTransposaseが確認された。