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土壌細菌アグロバクテリウムに近縁な耐塩性根粒菌の可能性について

关于与土壤细菌农杆菌密切相关的耐盐根瘤菌的可能性

基本信息

批准号：
21K05885
负责人：
馬場晶子
金额：
$ 2.66万
依托单位：
National Agriculture and Food Research Organization
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

ハマササゲ根粒菌のBradyrhizobium属, Sinorhizobium属, Rhyzobium属、３属11株について、NanoporeロングリードとIlluminaショートリードによる全ゲノム解読を実施した。結果として、アグロバクテリウム近縁種の3菌株が線状染色体を第２染色体として持つことが分かった。3菌株の線状染色体の左右の末端について精緻な配列情報に基づく比較を行なったところ、いずれについても末端から200bp程度の位置に200bp程度の緩いコンセサス配列を見出すことができた。また最末端には3菌株間で保存されている配列が検出された。Rhizobium属細菌の中で、かつてAgrobacterium属とされていたクレードの細菌群が線状染色体を持つらしいということと、線状染色体の末端構造を生成・維持するために第１染色体に座乗するテロメアーゼ遺伝子（telA）が必須であることは既報である。しかしながら、このクレードについて線状染色体末端配列の精緻な情報を体系的に取得、比較した報告は未だにない。そこで、末端配列とtelA遺伝子の比較を通じて、アグロバクテリウム類におけるハマササゲ根粒菌の進化系統的なポジションを明らかにすることを目的に、国内及び海外の保存機関から広くアグロバクテリウム類を取り寄せ、線状染色体末端配列の詳細な解析を行うことを研究計画に加えた。現在、各機関に対して配布申請を終え、取り寄せた菌株からgDNAの抽出を始めたところである。

11 strains belonging to 3 genera of Bradyrhizobium, Sinorhizobium, Rhyzobium and Nanopore were isolated from Illumina. The results showed that the linear chromosome of the three strains was the second chromosome. 3. The alignment information of the linear chromosomes on the left and right sides of the strain is refined. The alignment information of the linear chromosomes on the left and right sides of the strain is compared with that of the linear chromosomes on the right and left sides. The last three strains were preserved in the middle of the row. Rhizobium is a bacterial genus, and the bacterial group of Rhizobium is a linear chromosome. The terminal structure of linear chromosome is generated and maintained. The telA of chromosome 1 is required. There is no lack of systematic acquisition and comparison of the exquisite information on the terminal alignment of linear chromosomes. A comparative study of telA gene sequences and terminal sequences was carried out in order to clarify the evolutionary system of Rhizomania, and the research plan was added to the study. Now, each agency has to complete the distribution application, select the strain, and extract the DNA.