ヘリコバクター・シネディにおけるVI型分泌系の生理生態学的役割の解明

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Helicobacter cinaediと近縁菌株を含めたゲノム解析から、本菌にはVI型分泌系（T6SS）が特異的に存在することが明らかになった。T6SSはエフェクター分子を標的の細菌や真核細胞中に送り込むための細胞小器官であることから、本菌の病原性だけでなくヒト腸管での常在性にも関与する可能性が考えられた。そこで本菌におけるT6SSの生理生態学的な役割の解明するため、T6SS構成遺伝子の破壊株を作成した。遺伝子破壊株は、標的遺伝子の内部に薬剤耐性マーカーを挿入した配列をエレクトロポレーションにより導入し作成した。T6SSが菌の排除に利用されているか検討するために、野生型と破壊型を、それぞれ他の系統の株と共培養し一定時間後の菌数を計測した。本菌は寒天培地上でのコロニーカウントによる計測が難しいため、菌株特異的なプライマーを用いたdigital droplet PCRの実験系を構築し、各株の菌数を識別して計測した。DNAは、共培養下での各菌の割合を反映するよう、ビーズにより物理的な菌体破砕をおこない偏りなく精製した。さらに、H. cinaediの近縁菌種の実態を解明するなかで、タヌキから分離された近縁菌種が、T6SS構成遺伝子群をコードするプラスミドの保有が明らかになった。この構成遺伝子群はH. cinaediと類似していたが、構成遺伝子群に挟まれた領域は全く相同性が見られなかった。これらの領域にはT6SSエフェクター関連遺伝子群がコードされると推測され、エフェクターレパートリがT6SSを保有する菌の棲息環境に適応している可能性が示唆された。