がんゲノム検査で得られたゲノム情報の解析と薬効評価システムの構築

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１．がんゲノム情報収集の継続：臨床像として、放射線学的解析（CT、PET）、腫瘍マーカー、病理像のデータベース作成を行った。がんゲノム検査結果をがんゲノム情報サイト（ClinVar, COSMIC, OncoKB）に照らし、臨床的意義のあるvariantとVariants of unknown significance (VUS)の確認を行い、ゲノム情報を加えた総合的肺癌患者データベースを構築した。全がん種で208例、うち肺癌は85例集積した。２．in silicoでのVUSの病原性予測：VUS解析システムの構築のため、原発不明がん症例について解析した。高いアリル頻度を持ち、既存のin silico病原性予測ツール（SIFT, PolyPhen2, PROVEAN）で病原性の可能性が高く、かつ国内外のデータベースの報告のないvariantを抽出した。３．VUS遺伝子導入、コピー数増加による生物学的解析：２で抽出したvariantをCRISPR/Cas9を用いて肺癌細胞株に遺伝子導入し、高発現株を樹立し、細胞増殖、細胞浸潤を測定し、浸潤能の亢進を確認した。Molecular dynamicsシュミレーションによる機能解析を行い、活性化型変異であることを確認した。４．患者腫瘍組織採取とPatient-derived xenograft (PDX) 樹立：院内倫理審査委員会で承認を得たのち、上記の原発不明がん症例の組織を用いてPDXを樹立した。免疫不全マウスモデル（BRJマウス；BALB/c Rag-2/Jak3 二重欠損マウス）に皮下移植しPDXの系を作成した。VUSを遺伝子導入した細胞株と合わせ、動物モデルで薬効解析し、EGFR/Her2阻害剤が効果を示した。