がんゲノム検査で得られたゲノム情報の解析と薬効評価システムの構築

癌症基因组检测获得的基因组信息分析及药效评价体系构建

• 批准号: 21K07194
• 负责人: 荒金 尚子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Saga University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07194/
• 关键词: がんゲノム; 病的意義不明変異; 次世代シークエンス

１．がんゲノム情報収集の継続：臨床像として、放射線学的解析（CT、PET）、腫瘍マーカー、病理像のデータベース作成を行った。がんゲノム検査結果をがんゲノム情報サイト（ClinVar, COSMIC, OncoKB）に照らし、臨床的意義のあるvariantとVariants of unknown significance (VUS)の確認を行い、ゲノム情報を加えた総合的肺癌患者データベースを構築した。全がん種で208例、うち肺癌は85例集積した。２．in silicoでのVUSの病原性予測：VUS解析システムの構築のため、原発不明がん症例について解析した。高いアリル頻度を持ち、既存のin silico病原性予測ツール（SIFT, PolyPhen2, PROVEAN）で病原性の可能性が高く、かつ国内外のデータベースの報告のないvariantを抽出した。３．VUS遺伝子導入、コピー数増加による生物学的解析：２で抽出したvariantをCRISPR/Cas9を用いて肺癌細胞株に遺伝子導入し、高発現株を樹立し、細胞増殖、細胞浸潤を測定し、浸潤能の亢進を確認した。Molecular dynamicsシュミレーションによる機能解析を行い、活性化型変異であることを確認した。４．患者腫瘍組織採取とPatient-derived xenograft (PDX) 樹立：院内倫理審査委員会で承認を得たのち、上記の原発不明がん症例の組織を用いてPDXを樹立した。免疫不全マウスモデル（BRJマウス；BALB/c Rag-2/Jak3 二重欠損マウス）に皮下移植しPDXの系を作成した。VUSを遺伝子導入した細胞株と合わせ、動物モデルで薬効解析し、EGFR/Her2阻害剤が効果を示した。

1. Information collection: clinical imaging, radiological analysis (CT, PET), tumor imaging, pathological imaging, etc. The results of this study are included in the list of information providers (ClinVar, COSMIC, OncoKB), and the clinical significance of these variables of unknown significance (VUS) is confirmed. The information is included in the list of lung cancer patients. 208 cases were classified as total and 85 cases as lung cancer. 2.in silicone for VUS pathogenicity prediction: VUS analysis of the structure of the system, the origin of the unknown case analysis. High frequency of infection, existing in silico pathogenicity prediction (SIFT, PolyPhen2, PROVEAN), high possibility of pathogenicity, extraction of domestic and foreign reports of infection 3. Biological analysis of VUS gene introduction and increase in the number of cells: 2. Extraction of CRISPR/Cas9 gene variants, establishment of highly developed cells, cell proliferation, cell infiltration, and confirmation of increased infiltration. Molecular dynamics analysis, activation and differentiation 4. Patient-derived xenograft (PDX) establishment: The ethics review committee of the hospital recognized the findings and noted the use of PDX in the organization of unknown cases. Subcutaneous transplantation of PDX was performed in the presence of immune deficiency (BRJ) and BALB/c Rag-2/Jak3. VUS gene introduction into cell lines, animal models, EGFR/Her2 inhibitors and their effects

项目成果

当院での胸部悪性腫瘍に対するがんゲノム検査の現状

我院胸部恶性肿瘤基因组检测现状

• 发表时间: 2022
• 作者: 中島千穂;瀬戸香織;佐藤明美;中村秀明;梶原心;桑原雄紀;小宮奈津子;小楠真典;中村朝美;荒金尚子
• 通讯作者: 荒金尚子

A phase 2 basket trial of combination therapy with trastuzumab and pertuzumab in patients with solid cancers harboring HER2 amplification (JUPITER trial)

曲妥珠单抗和帕妥珠单抗联合治疗 HER2 扩增实体瘤患者的 2 期篮子试验（JUPITER 试验）

• 发表时间: 2021
• 作者: Ryo Kudo;Toshio Kubo;Naoko Sueoka-Aragane;Sadakatsu Ikeda et al
• 通讯作者: Sadakatsu Ikeda et al

Integrated approach to functional analysis of an ERBB2 variant of unknown significance detected by a cancer gene panel test.

• DOI: 10.1007/s13402-021-00656-3
• 发表时间: 2022-03
• 期刊: Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
• 作者: Harada Y;Sato A;Araki M;Matsumoto S;Isaka Y;Sagae Y;Abe T;Aoyagi Y;Sueoka E;Okuno Y;Kimura S;Sueoka-Aragane N
• 通讯作者: Sueoka-Aragane N

ctDNAを用いた網羅的遺伝子解析によるアファチニブ長期奏効予測因子の検討

通过使用 ctDNA 进行综合遗传分析来检查阿法替尼长期反应的预测因子

• 发表时间: 2022
• 作者: 中村朝美;佐藤明美;中島千穂;岩永健太郎;井上周;荒金尚子
• 通讯作者: 荒金尚子