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Development of biomarker for postpartum depression using GWAS and metabolomics

利用 GWAS 和代谢组学开发产后抑郁症的生物标志物

基本信息

批准号：
21K07479
负责人：
高橋長秀
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07479/
关键词：
産後うつ病 GWAS メタボロームゲノム解析メタボローム解析

项目摘要

名古屋大学および関連病院から収集された妊産婦1002検体（50 ng/ul）を東北大学に送付し、東北大学にて Axiom_TMMJPAv3 SNPアレイ（Japonica array NEO）を用いて65万SNPをgenotypingした。日本人リファレンスパネル(4.2KJPN)を元にインピューテーションを行い、Quality Control(Hardy-Weinberg Equilibrium解析, imputation精度)を行い、頻度1％以上の618万SNPについてgenotypingデータを取得し、複数回出産をしている妊婦については、初産のデータのみを使用した。IBD解析を行い、血縁関係にある妊婦を対象から除外し、PCA解析によりPopulation stratification analysisを行い、PC1-10および産前のうつ状態をcovariateとして産後うつ病発症群 vs 産後うつ病未発症群で関連解析を行い、染色体9番のABO遺伝子上に位置するSNPがゲノムワイドに有意な関連を示すことを見出した。東北メディカルメガバンクの検体を用いて、replicationを行ない、有意な関連が見られ、論文を作成し投稿済みである。メタボローム解析については、妊娠中・産後を通じて抑うつ状態の見られなかった妊産婦と産後にのみうつ状態の見られた妊産婦の血漿中の代謝物170について解析を行った。結果として、7つの代謝物が、産前・産後において変化していることを見出し、産後うつ病の病態に関連していることが示唆されたたが、東北メディカルメガバンクの検体では再現されず、偽陽性の可能性が高いと考えられた。

Nagoya University and related hospitals collected 1002 samples of pregnant women (50 ng/ul) from Tohoku University and Axiom_TMMPAV3 SNP typing (Japan array NEO). Japanese people use 6.18 million SNP genotyping data with a frequency of 1% or more, multiple production, and early production. IBD analysis was performed, blood relationship analysis was performed in pregnant women except for pregnant women, PCA analysis was performed, PC1 -10 analysis was performed, prenatal status analysis was performed, postpartum disease group was performed, postpartum disease group was performed, association analysis was performed, SNP analysis was performed on chromosome 9 ABO gene, intentional association was performed. Northeast China's The analysis of metabolites in pregnant women's plasma during pregnancy and postpartum period The results showed that the probability of metabolites, prenatal and postnatal changes, postpartum pathological changes and postnatal changes was high, and the probability of false positive was high.