肝癌治療効果を予測するための肝癌内細菌かつ腸内細菌を用いたバイオマーカーの開発

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肝癌は癌による死因の中で第5位を占めており、肝癌を制御するための薬剤開発は年々進歩しているが、多種類の分子標的薬のうち、どのような特徴の肝癌にどの薬剤を用いるかを選択する判断材料となるバイオマーカーはほとんど明らかになっていない。治療薬選択のためのバイオマーカーの発見が求められている。癌患者の癌組織の外科切除標本からDNAを抽出し、細菌に特異的な16SリボソームDNAを増幅したところ複数の菌種が見つかったことが報告され、癌組織の内部の細菌が抗癌剤の治療効果や癌患者の予後と相関しており、バイオマーカーの候補となりうることが報告された。しかし、肝癌内の細菌の存在について詳しく調べた報告が少なく、治療効果との関連は分かっていない。肝癌組織内にはどのような細菌が検出されるのか、その細菌が抗癌治療の効果や予後とどう相関するかを調べ、肝癌内細菌と同一患者の腸内・口腔内細菌との関連も検討し、非侵襲的な便、唾液の細菌検出から肝癌内細菌を予測できるかを検討する。前年度は34例の肝癌症例から検体を採取したが、本年度においてはさらに21例の肝癌患者から、癌組織、便、唾液の3種の検体を収集した。便検体と唾液検体につき、イルミナ社のMiseqのMiseqを用いて全ゲノムショットガンシーケンシングを行った。細菌叢の同定を行った。また患者の臨床情報について特に背景因子の整理を行い、予後情報を得るための治療成績情報について整理を行った。