Polygenic Risk Scoreを用いた心臓突然死リスク因子の探索と同定

使用多基因风险评分搜索和识别心源性猝死危险因素

• 批准号: 21K08027
• 负责人: 宮下 洋平
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K08027/
• 关键词: ゲノムワイド関連解析; ポリジェニックリスク; 突然死; ゲノムデータ; クオリティチェック; EDCシステムへの登録; 法医解剖; ゲノム; PolygenicRiskScore

今年度は当初の研究計画に従い、ゲノムワイド関連解析のパイプラインの構築を完了した。ゲノムワイド関連解析を実施する場合、疾患群および対照群のアレイ・シーケンスデータについて、使用しているシーケンサーなどによるSNPコールの特性の偏りを防ぐためQC（QualityCheck）のステップが重要である。本解析においても以下のQCを実施した。①サンプル毎にcall proportionが98%より低いサンプルはデータの信頼性が低いため除外した、②ヘテロ接合性の割合が高いサンプルはコンタミネーションの可能性が高いため除外した、③事前情報から得ている性別とゲノム情報から推定される性別が一致しないサンプルについてはゲノムデータによる性別を用いて補正・補完を行った、④遺伝子型一致率が高いサンプルは同一人物・同胞である可能性も排除できないので一人のみ残す方針とした、⑤近交係数F が著しく高いサンプルは同胞もしくは親族等である可能性があり結果のぶれにつながるため除外した、⑥構造化解析から日本人以外と考えられるサンプルは病態の差ではなく人種の差をとらえてしまう可能性があるため除外した、上記①～⑥のQCを行ったサンプルについて関連解析を行うための準備を完了した。続けて関連解析を行う際に突然死のように対象患者が少なく、対照群と極端なサンプル数の差がみられる場合は、通常のロジスティック回帰分析ではαエラーが高くなり、正確なP値を計算できないと考えられ、一般化線形混合モデルを用いる方法が適切である。そこで上記の遺伝統計学的解析を行うためのパイプライン構築を完了した。

This year, we have completed the construction of a platform for real-time web interface correlation analysis, which was part of the original research plan. When the correlation analysis is performed, the characteristics of SNP groups are important for disease groups and target groups, and for QC (Quality Check). The following QC measures are implemented in this analysis. (1) the proportion of each call is 98%,(2) the proportion of each call is 98%,(3) the proportion of each call is 98%,(4) the proportion of each call is 98%,(5) the proportion of each call is 98%,(6) the proportion of each call is 98%,(7) the proportion of each call is 98%,(8) the proportion of each call is 98%,(9) the proportion of each call is 98%,(9)(4) The genetic type agreement rate is high, and the probability of exclusion is high.(5) The inbreeding coefficient F is high, and the probability of exclusion is high.(6) The probability of exclusion is high.(7) The probability of exclusion is high.(8) The probability of exclusion is high.(9) The probability of exclusion is high.(9) The probability of exclusion is high.(10) The probability of exclusion is high.(11) The probability of exclusion is high.(12) The probability of exclusion is high.(13) The probability of exclusion is high.(14) The probability of exclusion is high.(15) The probability of exclusion is high.(16) The probability of exclusion is high.(17) The probability of exclusion is high.(18) 6. Structural analysis: the difference between Japanese and Chinese is the difference between Chinese and Japanese. The difference between Chinese and Japanese is the difference between Chinese and Japanese. The correlation analysis method is suitable for cases where the number of patients is small, the number of patients is small, the number of The analysis of statistics in the above records has been completed.

项目成果

アルコール性突然死例のゲノム上の特徴 ～法医学ゲノム検査の実際と展望～

酒精性猝死病例的基因组特征 - 法医基因组检测的现状和前景 -

• 发表时间: 2021
• 作者: Gyoten Takayuki;Amiya Eisuke;Kinoshita Osamu;Tsuji Masaki;Kimura Mitsutoshi;Hatano Masaru;Ono Minoru;坂本陽子;宮下洋平
• 通讯作者: 宮下洋平

Refractory Ventricular Arrhythmias in a Patient With Dilated Cardiomyopathy Caused by a Nonsense Mutation in <i>BAG5</i>

由 <i>BAG5</i> 无义突变引起的扩张型心肌病患者难治性室性心律失常

• DOI: 10.1253/circj.cj-22-0329
• 发表时间: 2022
• 期刊: Circulation Journal
• 影响因子: 3.3
• 作者: Hakui Hideyuki;Kioka Hidetaka;Sera Fusako;Nakamoto Kei;Ozu Kentaro;Kuramoto Yuki;Miyashita Yohei;Ohtani Tomohito;Hikoso Shungo;Asano Yoshihiro;Sakata Yasushi
• 通讯作者: Sakata Yasushi

Loss-of-function mutations in the co-chaperone protein BAG5 cause dilated cardiomyopathy requiring heart transplantation

• DOI: 10.1126/scitranslmed.abf3274
• 发表时间: 2022-01-19
• 期刊: SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE
• 影响因子: 17.1
• 作者: Hakui, Hideyuki;Kioka, Hidetaka;Asano, Yoshihiro
• 通讯作者: Asano, Yoshihiro