Polygenic Risk Scoreを用いた心臓突然死リスク因子の探索と同定

点击翻译按钮获取中文摘要

今年度は当初の研究計画に従い、ゲノムワイド関連解析のパイプラインの構築を完了した。ゲノムワイド関連解析を実施する場合、疾患群および対照群のアレイ・シーケンスデータについて、使用しているシーケンサーなどによるSNPコールの特性の偏りを防ぐためQC（QualityCheck）のステップが重要である。本解析においても以下のQCを実施した。①サンプル毎にcall proportionが98%より低いサンプルはデータの信頼性が低いため除外した、②ヘテロ接合性の割合が高いサンプルはコンタミネーションの可能性が高いため除外した、③事前情報から得ている性別とゲノム情報から推定される性別が一致しないサンプルについてはゲノムデータによる性別を用いて補正・補完を行った、④遺伝子型一致率が高いサンプルは同一人物・同胞である可能性も排除できないので一人のみ残す方針とした、⑤近交係数F が著しく高いサンプルは同胞もしくは親族等である可能性があり結果のぶれにつながるため除外した、⑥構造化解析から日本人以外と考えられるサンプルは病態の差ではなく人種の差をとらえてしまう可能性があるため除外した、上記①～⑥のQCを行ったサンプルについて関連解析を行うための準備を完了した。続けて関連解析を行う際に突然死のように対象患者が少なく、対照群と極端なサンプル数の差がみられる場合は、通常のロジスティック回帰分析ではαエラーが高くなり、正確なP値を計算できないと考えられ、一般化線形混合モデルを用いる方法が適切である。そこで上記の遺伝統計学的解析を行うためのパイプライン構築を完了した。