Comprehensive and rapid diagnosis of non-tuberculous mycobacterial pulmonary disease by using multi-locus sequence typing
利用多位点序列分型全面快速诊断非结核分枝杆菌肺病
基本信息
- 批准号:21K08194
- 负责人:
- 金额:$ 2.66万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2021
- 资助国家:日本
- 起止时间:2021-04-01 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
肺非結核性抗酸菌(NTM)症の診療において、喀痰より分離培養したNTM菌の菌種同定(近年は亜種レベルの同定が必要とされる)、薬剤感受性検査は必須であるが、現状では、手間、時間、お金がかかる検査となっている。本研究で、私たちはNTM菌の菌種同定、薬剤感受性検査の精緻化・簡略化を同時実現することを目的として、MGIT-seq法の開発を行っている。MGIT-seq法では、喀痰より分離培養した抗酸菌からDNAを抽出し、超小型次世代シーケンサーにアプライするだけで、解読情報はインターネットを介して送られ、コアゲノムMLST法による亜種レベルの菌種同定とマクロライドとアミカシンに対する薬剤感受性予測を自動解析し、結果をリアルタイムで返す新たな検査システムである。我々はMGIT-seqを臨床現場における有用性を実証する前向き研究を開始し、2021年から約1年間で138名の肺NTM症、肺NTM疑いの患者さんを前向きに登録し、喀痰培養(MGIT法)陰性となった22名を除いた116名について、従来法とMGIT-seq法を比較した。MGIT-seq法では106例中ほぼ全例で菌種同定が可能であり、さらに90%の症例で従来法では得ることが出来なかった亜種レベルの情報を得ることが可能であった。MGIT-seq法では、クラリス耐性予測はrrl遺伝子、erm遺伝子の配列から、アミカシンはrrs遺伝子の配列から予測しているが、クラリスでは感度95%、特異度98%、アミカシンでは、感度50%、特異度100%であった。アミカシンについては耐性の頻度が本研究コホートでは2例のみであり今後、nを増やした検討が必要と考えられた。以上の結果は、Journal of Clinical Microbiology 2023; 61:e0162622、に掲載された。
In the diagnosis and treatment of pulmonary non-tuberculous acid-fast bacteria (NTM), isolation and culture of NTM bacteria are necessary (in recent years, the identification of NTM bacteria is necessary), and the susceptibility of NTM bacteria is necessary. The purpose of this study is to simultaneously achieve the identification of NTM bacteria, refinement and simplification of drug sensitivity tests, and the development of the MGIT-seq method. The MGIT-seq method automatically analyzes the susceptibility prediction of acid-fast bacteria isolated and cultured in vitro, extracts DNA from ultra-small sub-generation strains, and transmits information to the host cell. The MLST method automatically analyzes the susceptibility prediction of acid-fast bacteria isolated and cultured in vitro, and returns the results to the new generation strains. We started our forward study to demonstrate the usefulness of MGIT-seq in clinical settings. In about one year from 2021, 138 patients with pulmonary NTM or suspected pulmonary NTM were enrolled in the forward study. Sputum culture (MGIT) was negative in 22 patients, except for 116 patients. MGIT-seq method: 106 cases, all cases, species identification, possible, 90% of cases, method of identification, possible, information. MGIT-seq method: sensitivity 95%, specificity 98%, sensitivity 50%, specificity 100%. In this study, the frequency of the disease is 2 cases, and the frequency of the disease is 2 cases. These results are published in Journal of Clinical Microbiology 2023; 61:e0162622.
项目成果
期刊论文数量(17)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Specific targeting of lung ILC2s via NRP1 in pulmonary fibrosis
- DOI:10.1038/s41423-022-00867-0
- 发表时间:2022-04
- 期刊:
- 影响因子:24.1
- 作者:T. Nii;K. Fukushima;H. Kida
- 通讯作者:T. Nii;K. Fukushima;H. Kida
同定不能抗酸菌と誤同定された新種のTsukamurella toyonakaenseによる慢性肺感染症の一例
一例由丰中冢村菌新种引起的慢性肺部感染,被错误地鉴定为不明分枝杆菌。
- DOI:
- 发表时间:2023
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:久下朋輝;福島清春;安部祐子;川崎貴裕;松木隆典;白山敬之;辻野和之;三木啓資;森雅秀;北田清悟;木田博;熊ノ郷淳
- 通讯作者:熊ノ郷淳
肺Mycobacterium abscessus complex症(肺MABC症)における抗GPL-core IgA抗体の陽性率及び臨床像
肺脓肿分枝杆菌复合体病(肺MABC病)抗GPL核心IgA抗体阳性率及临床特征
- DOI:
- 发表时间:2023
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:新居卓朗;福島清春;住谷仁;横山将史;橋本和樹;松木隆典;辻野和之;三木啓資;木田博
- 通讯作者:木田博
次世代シーケンサーMinIONを用いた抗酸菌リアルタイム同定システムの開発
使用新一代测序仪MinION开发抗酸细菌实时识别系统
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:松本悠希;福島清春;元岡大祐;金城武士;木田博;中村昇太
- 通讯作者:中村昇太
Serum GPL core antibody levels are associated with disease activity and treatment outcomes in Mycobacterium avium complex lung disease following first line antibiotic treatment
- DOI:10.1016/j.rmed.2021.106585
- 发表时间:2021-10-01
- 期刊:
- 影响因子:4.3
- 作者:Fukushima, Kiyoharu;Kitada, Seigo;Kida, Hiroshi
- 通讯作者:Kida, Hiroshi
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進行肺癌に対するCpG ODN(K3)皮下注射による自然免疫の活性化(Activation of innate immunity in patients with advanced lung cancer following subcutaneous injection of CpG ODN(K3))
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熊ノ郷 淳
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