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Comprehensive and rapid diagnosis of non-tuberculous mycobacterial pulmonary disease by using multi-locus sequence typing

利用多位点序列分型全面快速诊断非结核分枝杆菌肺病

基本信息

批准号：
21K08194
负责人：
木田博
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Osaka Toneyama Medical Center
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

肺非結核性抗酸菌(NTM)症の診療において、喀痰より分離培養したNTM菌の菌種同定（近年は亜種レベルの同定が必要とされる）、薬剤感受性検査は必須であるが、現状では、手間、時間、お金がかかる検査となっている。本研究で、私たちはNTM菌の菌種同定、薬剤感受性検査の精緻化・簡略化を同時実現することを目的として、MGIT-seq法の開発を行っている。MGIT-seq法では、喀痰より分離培養した抗酸菌からDNAを抽出し、超小型次世代シーケンサーにアプライするだけで、解読情報はインターネットを介して送られ、コアゲノムMLST法による亜種レベルの菌種同定とマクロライドとアミカシンに対する薬剤感受性予測を自動解析し、結果をリアルタイムで返す新たな検査システムである。我々はMGIT-seqを臨床現場における有用性を実証する前向き研究を開始し、2021年から約1年間で138名の肺NTM症、肺NTM疑いの患者さんを前向きに登録し、喀痰培養(MGIT法)陰性となった22名を除いた116名について、従来法とMGIT-seq法を比較した。MGIT-seq法では106例中ほぼ全例で菌種同定が可能であり、さらに90%の症例で従来法では得ることが出来なかった亜種レベルの情報を得ることが可能であった。MGIT-seq法では、クラリス耐性予測はrrl遺伝子、erm遺伝子の配列から、アミカシンはrrs遺伝子の配列から予測しているが、クラリスでは感度95%、特異度98%、アミカシンでは、感度50%、特異度100%であった。アミカシンについては耐性の頻度が本研究コホートでは2例のみであり今後、nを増やした検討が必要と考えられた。以上の結果は、Journal of Clinical Microbiology 2023; 61:e0162622、に掲載された。

In the diagnosis and treatment of pulmonary non-tuberculous acid-fast bacteria (NTM), isolation and culture of NTM bacteria are necessary (in recent years, the identification of NTM bacteria is necessary), and the susceptibility of NTM bacteria is necessary. The purpose of this study is to simultaneously achieve the identification of NTM bacteria, refinement and simplification of drug sensitivity tests, and the development of the MGIT-seq method. The MGIT-seq method automatically analyzes the susceptibility prediction of acid-fast bacteria isolated and cultured in vitro, extracts DNA from ultra-small sub-generation strains, and transmits information to the host cell. The MLST method automatically analyzes the susceptibility prediction of acid-fast bacteria isolated and cultured in vitro, and returns the results to the new generation strains. We started our forward study to demonstrate the usefulness of MGIT-seq in clinical settings. In about one year from 2021, 138 patients with pulmonary NTM or suspected pulmonary NTM were enrolled in the forward study. Sputum culture (MGIT) was negative in 22 patients, except for 116 patients. MGIT-seq method: 106 cases, all cases, species identification, possible, 90% of cases, method of identification, possible, information. MGIT-seq method: sensitivity 95%, specificity 98%, sensitivity 50%, specificity 100%. In this study, the frequency of the disease is 2 cases, and the frequency of the disease is 2 cases. These results are published in Journal of Clinical Microbiology 2023; 61:e0162622.