HRM法による法医学に有用なトリアレルSNPの解析システムの確立

法医学分野でしばしば行われるDNA鑑定は、変性した微量の試料を対象とすることがある。DNA鑑定で用いられるSTR（Short Tandem Repeat）は100-450bpくらいの長さであるため変性のひどいDNAの場合再現性のある結果が得られにくい。これに対し一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphism：SNP）は多型性は低いもののゲノム上に非常に多く存在し、短い断片でも解析が可能で変性試料にも有用性が高い。SNPはほとんどがバイアレルであるが、本研究では識別能がより高いトリアレルSNPを対象として、HRM法を用いた簡便で迅速な解析システムの確立を目指している。令和3年度には、本研究で解析対象とするトリアレル多型部位として、データベースなどから、日本人を中心とした東アジアの集団においてマイナーアレルの頻度が高い部位10か所程度を選択した。その後それらについてAPLP法やシークエンス法などで日本人DNAのタイピングを行い、マイナーアレルの頻度が10％を超えたSNPについて、HRM法による解析が行えるようプライマー作製をはじめとした解析条件を整えていく予定だった。しかし、HRM解析に用いるリアルタイムPCR装置の作動にやや問題があり、確認などに時間がかかり開始が遅れた。令和4年度は、新型コロナウイルス感染流行の影響で研究時間がやや確保しにくかったこと、自身の健康上の問題、また、HRM解析に用いるリアルタイムPCR装置の故障などから思うように研究が進められず、APLP法などによるアレルの解析は進められたが、HRM法での解析はほとんど進められなかった。令和5年度初旬にリアルタイムPCR装置が使用できるようになる予定であり、HRM法による解析を本格的に進めていきたい。

法医学分野でしばしば行われるDNA鑑定は、変性した微量の試料を対象とすることがある。DNA鑑定で用いられるSTR（Short Tandem Repeat）は100-450bpくらいの長さであるため変性のひどいDNAの場合再現性のある結果が得られにくい。これに対し一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphism：SNP）は多型性は低いもののゲノム上に非常に多く存在し、短い断片でも解析が可能で変性試料にも有用性が高い。SNPはほとんどがバイアレルであるが、本研究では識別能がより高いトリアレルSNPを対象として、HRM法を用いた簡便で迅速な解析システムの確立を目指している。令和3年度には、本研究で解析対象とするトリアレル多型部位として、データベースなどから、日本人を中心とした東アジアの集団においてマイナーアレルの頻度が高い部位10か所程度を選択した。その後それらについてAPLP法やシークエンス法などで日本人DNAのタイピングを行い、マイナーアレルの頻度が10％を超えたSNPについて、HRM法による解析が行えるようプライマー作製をはじめとした解析条件を整えていく予定だった。しかし、HRM解析に用いるリアルタイムPCR装置の作動にやや問題があり、確認などに時間がかかり開始が遅れた。令和4年度は、新型コロナウイルス感染流行の影響で研究時間がやや確保しにくかったこと、自身の健康上の問題、また、HRM解析に用いるリアルタイムPCR装置の故障などから思うように研究が進められず、APLP法などによるアレルの解析は進められたが、HRM法での解析はほとんど進められなかった。令和5年度初旬にリアルタイムPCR装置が使用できるようになる予定であり、HRM法による解析を本格的に進めていきたい。