Stem cell differentiation platform utilizing Bayesian machine learning
Stem cell differentiation platform utilizing Bayesian machine learning
批准号:
20KK0160
负责人:
Packwood Daniel
金额:
$12.06万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
财政年份:
2020
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2020-10-27 至 2024-03-31
中文摘要
在2032年,我们采取了三个步骤来实现我们的目标,即实现用于诱导心脏分化的小分子的硅设计我们开发了一种基于范德华体积形状和亲水性信息的新型分子描述符。在神经网络模型中使用这些描述符,我们对小分子的心脏分化效果取得了较好的预测准确率(真阳性率为77%)。我们开发了一个基于分子片段库的硅内生成小有机化合物的新代码。该代码生成的候选化合物可以通过上面描述的神经网络进行测试。[3]我们在实验室成功地实现了心脏分化方案,可用于测试上述预测的化合物。
英文摘要
During 2032, we made three steps towards achieving our goal of realising in-silico design of small molecules for inducing cardiac differentiation.[1] We developed a new type of molecule descriptor based on van der Waals volume shapes and hydrophilicity information. By using these descriptors in neural network model, we achieved good predictive accuracy for the cardiac differentiation effect of small molecules (true positive rate = 77 %). [2] We developed a new code for in-silicon generation of small organic compounds based on a molecule fragment library. The candidate compounds generated by this code can be tested by the neural network described above. [3] We succeeded to implement a cardiac differentiation protocol in our laboratory, which can be used to test the compounds predicted above.
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データ科学・機械学習を活用する機能性分子の設計手法
利用数据科学和机器学习的功能分子设计方法
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[野田祥平(神戸大院・理), 秋田鉄也(水産機構・資源研), 武島弘彦(東海大), 佐藤拓哉(京大・生態研セ), 佐藤拓哉, Rodi Abdalkader and Kenichiro Kamei, Daniel M. Packwood]
通讯作者:
Daniel M. Packwood
Cell-Inspired Materials and Engineering
细胞启发材料与工程
DOI:
--
发表时间:
2021
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Kakumyan Pattana, Suwannarach Nakarin, Kumla Jaturong, Saichana Natsaran, Lumyong Saisamorn, Matsui Kenji, H. Tabe and T. Ueno]
通讯作者:
H. Tabe and T. Ueno
Development of human cornea-on-a-chip
人类角膜芯片的研制
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[野田祥平(神戸大院・理), 秋田鉄也(水産機構・資源研), 武島弘彦(東海大), 佐藤拓哉(京大・生態研セ), 佐藤拓哉, Rodi Abdalkader and Kenichiro Kamei, Daniel M. Packwood, Rodi Abdalkader, Rodi Abdalkader]
通讯作者:
Rodi Abdalkader
The survival and characteristics of cryopreserved human iPSC-derived corneal epithelial cells generated by SSM-CI method
SSM-CI 方法产生的冻存人 iPSC 来源的角膜上皮细胞的存活和特性
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Abdalkader Rodi, Chaleckis Romanas, Fujita Takuya, Rodi ABDALKADER]
通讯作者:
Rodi ABDALKADER
Data science for novel molecular materials
新型分子材料的数据科学
DOI:
--
发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
共 6 条
データ科学・計算機化学の融合による有機光電変換材料の創生プラットフォーム
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批准号:23KF0250
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$0.83万
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财政年份:2023
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负责人:Packwood Daniel
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依托单位:
Quantum Annealing for Functional Molecular Assemblies
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批准号:21K05003
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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资助金额:$2.75万
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财政年份:2021
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负责人:Packwood Daniel
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依托单位:
Creation of an organic thin film deposition system by integration of information science
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批准号:18K14126
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$2.66万
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财政年份:2018
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负责人:Packwood Daniel
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依托单位:
Charge transport inside of organic crystals and lithium-containing metal oxides
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批准号:26800220
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项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额:$0.92万
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财政年份:2014
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负责人:Packwood Daniel
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依托单位: