RNAダイナミクスの学理構築とRNA標的薬剤アッセイ系の構築

RNA动力学理论建立及RNA靶药物检测体系构建

• 批准号: 21H02059
• 负责人: 川井 清彦
• 金额: $ 11.15万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology (2022-2023)Osaka University (2021)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02059/
• 关键词: 1分子計測; RNA; １分子計測; 蛍光; ブリンキング; 三重項ー三重項エネルギー移動; ダイナミクス; 過渡構造

２０２２年度は、２０２１年度に確立したRNA構造転移の測定法の１つである、三重項－三重項エネルギー移動を利用した、RNA構造転移の測定法を用いて、ＤＮＡ、ＲＮＡダイナミクスを調べた。片方の末端に1分子蛍光観測が可能である光耐久性の高い蛍光分子ＡＴＴО647Ｎ、もう片方の末端に三重項エネルギーのアクセプター、兼、光安定化剤として1,4,5,8-cyclooctatetraene（ＣОＴ）を導入した1本鎖DNA、および、1本鎖ＲＮＡを合成し、蛍光相関分光法を用いた蛍光ブリンキング測定により、1本鎖ＤＮＡ、ＲＮＡの末端衝突ダイナミクス測定を行った。この際、PEG20,000などのモレキュラークラウディング剤による分子夾雑環境がＲＮＡダイナミクスに与える影響を同時に検証した。また、局所的なＲＮＡ構造中の塩基対の解離を検証するための手法開発に取り組んだ。1分子測定により得られるデータはバイナリデータとして得られるが、Pythonを用いたプログラム開発により、複数のデータをクリック1つで解析可能となった。また、１連のデータにおいても、自在に時間を区切りながら蛍光ブリンキングパターンを解析することができるようになった。これにより、時間経過とともに蛍光ブリンキングパターンに変化を生ずるか、否かを、短時間で検証可能となり、ブリンキングパターンの変化を通してＲＮＡ構造転移を調べると言う、ＲＮＡダイナミクスを測定する新たな手法開発に成功した。

In the year 2022 and 2021, it is necessary to make sure that the RNA transfer test method is simple, triple-item and triple-item transfer test, and the RNA transfer test method is based on DNA, DNA and RNA transfer measurement. One molecule at the end of the tablet, one molecule, two molecules, one molecule, one, two, two, one, two, one, two, four, three, one, two, one, two 5According to 8-color cyclooctatetraene (Cutt), one copy of DNA, one copy of RNA synthesis, one copy of Optical Phase Spectrophotometry, one copy of DNA, one copy of RNA end device, and one copy of Optical Phase Spectrophotometry were used to determine the performance of the instrument. The international, PEG20000 and environmental monitoring systems require that the RNA environment be monitored at the same time as the impact. The system and the local RNA system are in the process of obtaining information about the system. 1. The molecular measurement results show that there are significant differences between the data and the data, the data of the Python, the number of the data, and the number of the data are analyzed. In the first half of the year, there is no need to do anything, and you are free to do so in the free time zone. Through monitoring,

项目成果

レドックス制御型蛍光blinkingを用いた生体還元剤の定量

使用氧化还原控制的荧光闪烁定量生物还原剂

• 发表时间: 2023
• 作者: 土取 章太郎;米澤 祐基;Shuya FAN;丸山 厚;藤塚 守;川井 清彦
• 通讯作者: 川井 清彦

Large Heterogeneity Observed in Single Molecule Measurements of Intramolecular Electron Transfer Rates through DNA

• DOI: 10.1246/bcsj.20220220
• 发表时间: 2022-12-01
• 期刊: BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN
• 影响因子: 4
• 作者: Fan, Shuya;Takada, Tadao;Kawai, Kiyohiko
• 通讯作者: Kawai, Kiyohiko

Single-molecule photochemistry of nucleic acids and its application to single-molecule analysis and diagnosis

核酸单分子光化学及其在单分子分析诊断中的应用

• 发表时间: 2022
• 作者: A. M. Khabibrakhmanova;R. G. Faizova;O. A. Lodochnikova;R. R. Zamalieva;L. Z. Latypova;E. Y. Trizna;A. G. Pofiryev;K. Tanaka;O. Sachenkov;A. R. Kayumov;A. R. Kurbangalieva;Kiyohiko KAWAI
• 通讯作者: Kiyohiko KAWAI

Electron-transfer kinetics through nucleic acids untangled by single-molecular fluorescence blinking

通过单分子荧光闪烁解开核酸的电子转移动力学

• DOI: 10.1016/j.chempr.2022.07.025
• 发表时间: 2022
• 期刊: Chem
• 影响因子: 23.5
• 作者: Fan Shuya;Xu Jie;Osakada Yasuko;Hashimoto Katsunori;Takayama Kazuya;Natsume Atsushi;Hirano Masaki;Maruyama Atsushi;Fujitsuka Mamoru;Kawai Kumi;Kawai Kiyohiko
• 通讯作者: Kawai Kiyohiko

Single-molecule Fluorescence Kinetic Sandwich Assay Using a DNA Sequencer

使用 DNA 测序仪进行单分子荧光动力学夹心测定

• DOI: 10.1246/cl.210726
• 发表时间: 2022
• 期刊: Chemistry Letters
• 影响因子: 1.6
• 作者: Kawai Kiyohiko;Fujitsuka Mamoru
• 通讯作者: Fujitsuka Mamoru