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Development of a new breeding strategy which enables intensive selection in aquaculture

开发新的育种策略，实现水产养殖的集约化选择

基本信息

批准号：
21H02279
负责人：
細谷将
金额：
$ 11.4万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

マサバとゴマサバの参照配列を構築した。それぞれPacBio HiFiシーケンスを行って第1段階の参照配列を構築し、NanoporeによるロングリードとstLFRによるリンクドリードを用いてscaffoldingとmisassemblyの修正を行った。その結果、それぞれの種で900本程度のscaffoldにまとめることができた。参照配列の連続性を示すScaffold N50は28 Mbで、核型と一致する上位24本のscaffoldでゲノムの80%がカバーされていた。また、マサバについては国内3集団、ゴマサバについては国内2集団からサンプルを得た。一部を用いて低被覆深度シーケンスを行い、性に関するゲノムワイド関連解析を行って、その有効性を確認した。現在は、全個体を用いた低被覆深度シーケンスを実施しており、データが得られ次第、多型情報をまとめる。また、パブリックデータベースから条鰭類の参照配列をダウンロードして超保存領域と種間多型情報の蓄積を進めている。申請当時よりも参照配列を持つ魚種が大幅に増えていたことから、各魚種のゲノム配列の質やゲノムサイズ、遺伝子カバー率（BUSCO）などを中心に、どの種を利用すべきかの基準を再検討も行っている。

A reference column is constructed. PacBio's first level of reference assembly was constructed, and Nanopore's first level of reference assembly was constructed. The result is 900 levels of scaffold. The linkage of the reference sequence shows that 80% of the Scaffold N50 is 28 Mb, karyotype is consistent with the upper 24 Mb, and the upper 24 Mb is 80 Mb.また、マサバについては国内3集団、ゴマサバについては国内2集団からサンプルを得た。A part of the low coverage depth, the nature of the relationship, the nature of the relationship. Now, the whole body is in use, and the depth of coverage is low. The reference arrangement of the fin species is changed to the super-preservation domain and the accumulation of interspecific polytype information. At the time of application, the reference allocation of species was significantly increased, and the quality of the allocation of species was significantly increased.

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Repeated translocation of a supergene underlying rapid sex chromosome turnover.

性染色体快速周转背后的表基因的重复易位。

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
6.Kabir A.;Ieda R.;Hosoya S.;Fujikawa D.;Atsumi K.;Tajima S.;Nozawa A.;Hirase S.;Koyama T.;Nakamura O.;Kadota M.;Nishimura O.;Kuraku S.;Nakamura Y.;Kobayashi H.;Toyoda A.;Tasumi S.;Kikuchi K.
通讯作者：
Kikuchi K.

低深度ゲノムワイドリシーケンスによるGBS 解析

通过低深度全基因组重测序进行 GBS 分析

DOI：
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
0
作者：
細谷将・矢澤良輔・金子智美・菊池潔
通讯作者：
細谷将・矢澤良輔・金子智美・菊池潔

マサバのドラフトゲノムと連鎖地図.

鲭鱼基因组草图和连锁图谱。

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
河邊玲;刀祢和樹;細谷将・谷怜央人・矢澤良輔・吉崎悟朗・菊池潔.
通讯作者：
細谷将・谷怜央人・矢澤良輔・吉崎悟朗・菊池潔.

スジアラ Plectropomus leopardus 連鎖地図の作製

豹纹虾连锁图谱的制备

DOI：
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
0
作者：
Havelka Milo;Sawayama Eitaro;Saito Taiju;Yoshitake Kazutoshi;Saka Daiki;Ineno Toshinao;Asakawa Shuichi;Takagi Motohiro;Goto Rie;Matsubara Takahiro;宇治督・佐野菜採・安池元重・中村洋路・關野正志・細谷将
通讯作者：
宇治督・佐野菜採・安池元重・中村洋路・關野正志・細谷将

2.Kabir A., Kikuchi K., Hosoya S. 2022. A jumping sex-determining locus drove rapid turnover of sex chromosomes in Takifugu pufferfish.

2.Kabir A.、Kikuchi K.、Hosoya S. 2022。跳跃的性别决定基因座驱动河豚性染色体的快速周转。