Evaluating the role of cis-regulatory tandem DNA repeats in human disease and evolution

评估顺式调控串联 DNA 重复序列在人类疾病和进化中的作用

• 批准号: 21H02460
• 负责人: ウォルツェン クヌート
• 金额: $ 11.15万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02460/
• 关键词: DNAリピート; ゲノム編集; CRISPR-Cas9; iPS細胞; レポーターアッセイ; ゲノム解析; ヒトiPS細胞

Using our dataset, we aimed to construct a lentivirus-based reporter assay library for evaluating the activity of enhancers and their polymorphic deletion variants. We surmised that construction of VNTRs in a lentirival vector would face limitations of DNA element size and possible instability due to the repetitive nature of the elements. We therefore developed alternative approaches to measure gene-regulatory properties of VNTRs in a high-throughput manner based on epigenome editing and precision gene editing of endogenous VNTRs. For these purposes, we prepared iPS cell lines for CRISPRi and a protocol for controlling VNTR copy number. In revision, we expect MPRA screens to be performed using minimal cCRE elements identified within VNTR sequences.

利用我们的数据集，我们的目标是构建一个基于慢病毒的报告文库，用于评估增强子及其多态缺失变体的活性。我们推测，在慢竞争载体中构建VNTRs将面临DNA元件大小的限制，以及由于元件的重复性质而可能存在的不稳定性。因此，我们开发了另一种方法来高通量地测量VNTRs的基因调控特性，该方法基于内源性VNTRs的表观基因组编辑和精确的基因编辑。为此，我们准备了用于CRISPRi的iPS细胞系和用于控制VNTR拷贝数的协议。在修订中，我们预计将使用在VNTR序列中确定的最小CCRE元件进行MPRA筛查。

项目成果

ヒトiPS細胞における精密なゲノム編集技術

人类iPS细胞精准基因组编辑技术

• 发表时间: 2022
• 作者: 田路 矩之;柴田ゆき野;辰本将司;石川 裕恵;郷 康広;和多 和宏;Knut Woltjen
• 通讯作者: Knut Woltjen

Total control of the human genome by reprogramming and precision editing

通过重编程和精确编辑全面控制人类基因组

• 发表时间: 2022
• 作者: Sho Tamai;Kosei Sato;Hitoshi Sakakibara;Kazuhiro Oiwa;南後恵理子;Knut Woltjen
• 通讯作者: Knut Woltjen

Modeling genetic and infectious disease using Gene Editing and iPS Cell technologies

使用基因编辑和 iPS 细胞技术对遗传和传染病进行建模

• 发表时间: 2022
• 作者: 井手 聖;前島一博;Knut Woltjen
• 通讯作者: Knut Woltjen

Deploying MENdel MMEJ prediction for the efficient generation of frameshift deletions and disease modeling in human induced pluripotent stem cells

部署 MENdel MMEJ 预测以在人类诱导多能干细胞中有效生成移码缺失和疾病模型

• 发表时间: 2022
• 作者: 竹内亮;砂山幸雄;Gabriel Felipe Martinez-Galvez
• 通讯作者: Gabriel Felipe Martinez-Galvez

A comparative analysis of DNA double strand break repair predictors for template-less precision gene editing

用于无模板精准基因编辑的 DNA 双链断裂修复预测因子的比较分析

• 发表时间: 2022
• 作者: Sho Tamai;Hitoshi Sakakibara;Kosei Sato;Kazuhiro Oiwa;Gabriel Felipe Martinez-Galvez
• 通讯作者: Gabriel Felipe Martinez-Galvez