早期CKD患者の精密医療を目指した予後評価法の開発

早期CKD患者精准医疗预后评估方法的建立

• 批准号: 21H02935
• 负责人: 猪阪 善隆
• 金额: $ 11.4万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02935/
• 关键词: Single cell RNA seq; AI; CKD; シングルセルRNA-seq解析; エクソソーム解析

シングルセルRNA-seq解析は、RNAの発現量を1細胞ごとに網羅的に計測する技術で、腎臓のように多種多様な細胞で構成される臓器の解析において非常に有用な知見をもたす。本研究では、sequence read archiveに登録されている複数のシングルセルRNA-seqデータを再解析し、腎発生におけるnephron progenitorの自己複製プロセスや細胞間コミュニケーションなどを明らかとした。シングルセルRNA-seq解析では、trajectory解析やRNA velocity解析などを用いることで、従来のbulk RNA sequenceとは異なった側面から生命現象を捉えることが可能であり、本研究で引き続き、シングルセルRNA-seq解析を用いて予後を解析する。また、腎臓病の発症および進展には、糸球体上皮細胞の足突起癒合や尿細管細胞のミトコンドリア障害などが関与しているが、これらの構造変化は非常に微細なため、日常臨床で使用する光学顕微鏡では観察できない。本研究では、腎生検による腎臓病診断に用いられたマッソントリクローム染色腎生検プレパラートをそのまま超解像度顕微鏡で観察することにより、上述の腎微細構造変化が観察可能であることを明らかとした。さらに、フーリエ変換を用いてこれらの構造変化を定量評価する方法を開発した。我々の方法を用いて尿細管細胞のミトコンドリア形態変化を定量評価すると、腎生検後の腎機能低下速度を予測できることも明らかとした。

The RNA-seq analysis of RNA production in a cell network is very useful in the analysis of multiple cell structures in kidney and kidney. In this study, the sequence read archive was used to analyze the sequence of multiple RNA sequences and to clarify the role of nephron progenitor in the development of kidney. This study aims to analyze RNA-seq in the context of its application, trajectory analysis, RNA velocity analysis, and subsequent bulk RNA sequence analysis. The development and progression of kidney disease is related to the healing of the foot processes of the spherical epithelial cells and the development of the urinary tubule cells. The structural changes of the kidney are very fine and can be observed by optical microscopy in daily clinical use. This study aims to clarify the possibility of detecting renal microstructural changes by using ultra-resolution microscopy in the diagnosis of renal disease. A new method for quantitative evaluation of structural changes was developed. Our method is used to quantitatively evaluate the morphological changes of urine tubule cells and predict the rate of renal dysfunction after kidney birth.

项目成果

Identification of Diabetic Nephropathy in Patients Undergoing Kidney Biopsy through Blood and Urinary Profiles of D-Serine

• DOI: 10.34067/kid.0004282021
• 发表时间: 2021-11-25
• 期刊: KIDNEY360
• 作者: Iwata, Yukimasa;Okushima, Hiroki;Kimura, Tomonori
• 通讯作者: Kimura, Tomonori

D-Serine Mediates Cellular Proliferation for Kidney Remodeling

• DOI: 10.34067/kid.0000832021
• 发表时间: 2021-10-28
• 期刊: KIDNEY360
• 作者: Hesaka, Atsushi;Tsukamoto, Yusuke;Kimura, Tomonori
• 通讯作者: Kimura, Tomonori

Age-associated decline of MondoA drives cellular senescence through impaired autophagy and mitochondrial homeostasis

• DOI: 10.1016/j.celrep.2022.110444
• 发表时间: 2022-03-01
• 期刊: CELL REPORTS
• 影响因子: 8.8
• 作者: Yamamoto-Imoto, Hitomi;Minami, Satoshi;Yoshimori, Tamotsu
• 通讯作者: Yoshimori, Tamotsu