Will longevity last for generations? We verify the gut microbiota of the Japan's longest-lived village using bioinformatics.

长寿会延续几代人吗？

• 批准号: 21H03716
• 负责人: 池松 真也
• 金额: $ 11.15万
• 依托单位: Okinawa National College of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H03716/
• 关键词: バイオインフォマティクス; 腸内細菌叢; 次世代シーケンサー; 長寿; アッカーマンシア菌; Akkermansia muciniphila; 腸内細菌叢解析; メタゲノム解析

新型コロナウイルス感染症の影響で大宜味村の高齢者及びその家族に直接お会いさせていただくことができなかったが、オープンデータを用いて日本人長寿者の腸内細菌叢の特徴とAkkermansia muciniphilaに注目し、長寿のカギとなる事象を探索した。NCBIのSequence Read Archiveから、長寿者およびControlのデータとしてPRJDB11902から180件、ControlとしてPRJNA832909から93件、糞便サンプルから抽出した16S rRNAの塩基配列データを取得し、これらを菌叢解析パイプラインであるQiime2にて解析を行った。Qiime2内でQuality Controlやキメラ配列の除去を行い、代表配列を決定した後、Silva rRNAデータベースにてTaxonomy解析を行い、各サンプルの占有率を算出した。その後、長寿者およびControl群をさらにAkkermansia保有群、非保有群に分け、4群で多様性解析を行った。Akkermansiaによる腸内への影響を探るため、16S rRNAをマーカー遺伝子としてPICRUSt2にてASVデータから代謝酵素を予測した後、パスウェイデータベースであるMetaCycおよびKEGG Pathwayデータにマッピングを行い、各種データにて回帰および決定木を用いた2値分類モデルを構築し、各変数の重要度を算出、評価した。Control群と100歳以上の百寿者群の間で、α多様性における検定の結果、百寿者群はControl群よりも多様性が有意に高いことが示されたのと同時に、Akkermansia占有率にも差があることがあることが分かった。Control群のAkkermansia保有群、非保有群を対象にした、部分的最小二乗回帰の結果、Akkermansiaを保有している群にて、Rhodospirillales目やBarnesiellaceae科の占有率が増加していることが分かった。

The new type of infectious disease shows that people in Dayi Village and their families will pay special attention to the bacteria in the Japanese people who live a long life, and the people who live a long life in Japan will pay special attention to the bacteria in the Japanese. NCBI

项目成果

AIで新型コロナウイルス感染症に関連する遺伝子群を特定!

利用AI识别与新型冠状病毒感染相关的基因簇！

AIで新型コロナウイルス感染症に関連する遺伝子群を特定

AI识别与新型冠状病毒感染相关的基因簇

“長寿日本一”の村のヒミツを解明中！未来を支える医学の力

揭开“日本寿命最长”村庄的秘密！

ブルーゾーン大宜味村の腸内細菌叢解析から見えてくるもの

从蓝区大宜味村肠道菌群分析可以看出什么

• 发表时间: 2023
• 期刊: アグリバイオ
• 作者: Budiman;I.;Fujiwara、T.;Harada;K.;Sato;N.;池松真也
• 通讯作者: 池松真也

琉球大学・中央大学・沖縄工業高等専門学校 AIで新型コロナウイルス感染症に関連する遺伝子群を特定

琉球大学、中央大学和冲绳国立工业大学利用人工智能识别与新型冠状病毒感染相关的基因簇