Investigation of polybacterial onset model of tonsillitis repetition and severity by crowd analysis of tonsil crypt microflora

アメリカ留学にて行った、菌叢解析に対するdry methodの日本への移入をすすめ、同様の解析データを新規におこなった。dryの解析環境をupdateし、おもにpythonコードを応用し、データ毎に開発環境を構築した。プログラムの導入、ハードウェアの調整、留学先のデータセンターとの連絡調整などをオンラインも用いておこなった。qiime2プロトコルは以下となる。UCSD MicrobiomeCoreでの検体処理として、QiitaへFASTQファイルをインポートし96wellデータより必要なサンプルのみをsplitする。次に150bpへのtrimming, デフォルト設定でのdeblurを経てBIOMファイルを作成する。次にこれらを初期データとして、ubuntu上でQiime2が稼働するVirtual machine（ウィンドウズ10上）にてjupyter notebookを用いて、スクリプトを実行する。データはEBI-ENAに登録、後悔することを前提としたフォーマットの確認を行う。データベースの選定としては、green genes97%一致の上、RDPベースのデータも処理した。特に巨大データベース処理においてはマシンのメモリ増設等が必要であったため、適宜調整を継続した。また、論文作成における図表の作成においても、pythonスクリプトによる描出を、各フォーラムでの質疑、チュートリアルを参考に継続使用した。wetの実際としては、選択培地に用いる抗菌薬の購入調整、DNA実験用の各種プライマー合成を行った。Detroit562などの上皮細胞培養のためのウェルの選定、培養条件の調整などをおこなうとともに、新規臨床検体のエントリーを続けている。

アメリカ留学にて行った、菌叢解析に対するdry methodの日本への移入をすすめ、同様の解析データを新規におこなった。dryの解析環境をupdateし、おもにpythonコードを応用し、データ毎に開発環境を構築した。プログラムの導入、ハードウェアの調整、留学先のデータセンターとの連絡調整などをオンラインも用いておこなった。qiime2プロトコルは以下となる。UCSD MicrobiomeCoreでの検体処理として、QiitaへFASTQファイルをインポートし96wellデータより必要なサンプルのみをsplitする。次に150bpへのtrimming, デフォルト設定でのdeblurを経てBIOMファイルを作成する。次にこれらを初期データとして、ubuntu上でQiime2が稼働するVirtual machine（ウィンドウズ10上）にてjupyter notebookを用いて、スクリプトを実行する。データはEBI-ENAに登録、後悔することを前提としたフォーマットの確認を行う。データベースの選定としては、green genes97%一致の上、RDPベースのデータも処理した。特に巨大データベース処理においてはマシンのメモリ増設等が必要であったため、適宜調整を継続した。また、論文作成における図表の作成においても、pythonスクリプトによる描出を、各フォーラムでの質疑、チュートリアルを参考に継続使用した。wetの実際としては、選択培地に用いる抗菌薬の購入調整、DNA実験用の各種プライマー合成を行った。Detroit562などの上皮細胞培養のためのウェルの選定、培養条件の調整などをおこなうとともに、新規臨床検体のエントリーを続けている。