Investigation of polybacterial onset model of tonsillitis repetition and severity by crowd analysis of tonsil crypt microflora

通过扁桃体隐窝微生物区系人群分析研究扁桃体炎重复和严重程度的多菌发病模型

• 批准号: 17K11400
• 负责人: 平岡 政信
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Wakayama Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-01-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17K11400/
• 关键词: 扁桃周囲膿瘍; microbiome; 扁桃炎; microbiota; 細菌感染症; GAS; マイクロビオーム; 溶血性レンサ球菌; 扁桃陰窩細菌叢; red complex; 微生物; 感染症; ゲノム; 細菌

アメリカ留学にて行った、菌叢解析に対するdry methodの日本への移入をすすめ、同様の解析データを新規におこなった。dryの解析環境をupdateし、おもにpythonコードを応用し、データ毎に開発環境を構築した。プログラムの導入、ハードウェアの調整、留学先のデータセンターとの連絡調整などをオンラインも用いておこなった。qiime2プロトコルは以下となる。UCSD MicrobiomeCoreでの検体処理として、QiitaへFASTQファイルをインポートし96wellデータより必要なサンプルのみをsplitする。次に150bpへのtrimming, デフォルト設定でのdeblurを経てBIOMファイルを作成する。次にこれらを初期データとして、ubuntu上でQiime2が稼働するVirtual machine（ウィンドウズ10上）にてjupyter notebookを用いて、スクリプトを実行する。データはEBI-ENAに登録、後悔することを前提としたフォーマットの確認を行う。データベースの選定としては、green genes97%一致の上、RDPベースのデータも処理した。特に巨大データベース処理においてはマシンのメモリ増設等が必要であったため、適宜調整を継続した。また、論文作成における図表の作成においても、pythonスクリプトによる描出を、各フォーラムでの質疑、チュートリアルを参考に継続使用した。wetの実際としては、選択培地に用いる抗菌薬の購入調整、DNA実験用の各種プライマー合成を行った。Detroit562などの上皮細胞培養のためのウェルの選定、培養条件の調整などをおこなうとともに、新規臨床検体のエントリーを続けている。

Line study ア メ リ カ に て っ た, flora analytic に す seaborne る dry method の Japan へ の move を す す め, with others in analytical デ の ー タ を new rules に お こ な っ た. Dry の analytical environment を update し, お も に python コ ー ド を 応 し, デ ー タ their に open 発 environment を construct し た. プ ロ グ ラ ム の import, ハ ー ド ウ ェ ア の adjustment, study abroad first の デ ー タ セ ン タ ー と の contact adjustment な ど を オ ン ラ イ ン も with い て お こ な っ た. qiime2プロトコ となる below となる. UCSD MicrobiomeCore で の 検 body 処 Richard と し て, Qiita へ FASTQ フ ァ イ ル を イ ン ポ ー ト し 96 well デ ー タ よ り necessary な サ ン プ ル の み を split す る. に 150 bp へ の trimming, デ フ ォ ル ト set で の deblur を 経 て BIOM フ ァ イ ル を made す る. Early times に こ れ ら を デ ー タ と し て, ubuntu で Qiime2 が grain 働 す る Virtual machine (ウ ィ ン ド ウ ズ 10) に て jupyter notebook を with い て, ス ク リ プ ト を line be す る. デ ー タ は EBI - ENA に login, regret す る こ と を premise と し た フ ォ ー マ ッ ト confirm line を う の. デ ー タ ベ ー ス の selected と し て は, green genes97% on the consistent の, RDP ベ ー ス の デ ー タ も 処 Richard し た. , huge に デ ー タ ベ ー ス 処 Richard に お い て は マ シ ン の メ モ リ rights set and other necessary で が あ っ た た め, appropriate adjustment を 継 続 し た. ま た, paper made に お け る 図 table の made に お い て も, python ス ク リ プ ト に よ る trace を, various フ ォ ー ラ ム で の question, チ ュ ー ト リ ア ル を reference に 継 続 use し た. wet <s:1> practical と と て て った, select 択 pedide に use <s:1> る antibacterial drug <e:1> purchase adjustment, DNA practical use <s:1> various プラ <s:1> <e:1> <s:1> <s:1> synthesis を line った. Epithelial cell culture の Detroit562 な ど の た め の ウ ェ ル の, culture conditions, selected の adjustment な ど を お こ な う と と も に, new rules on clinical 検 の エ ン ト リ ー を 続 け て い る.

项目成果

反復性扁桃炎における、扁桃陰窩細菌叢のRed Complexの増加と乳酸菌carbonhydrate utilization geneの発現

复发性扁桃体炎中扁桃体隐窝微生物群红色复合物的增加和乳酸菌碳水化合物利用基因的表达

• 发表时间: 2017
• 作者: Tominaga Hiroto;Matsuzaki Juntaro;Oikawa Chihiro;Toyoshima Kensho;Manabe Haruki;Ozawa Eriko;Shimamura Atsushi;Yokoyama Riko;Serizawa Yusuke;Ochiya Takahiro;Saito Yoshimasa;平岡政信
• 通讯作者: 平岡政信