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Investigation of polybacterial onset model of tonsillitis repetition and severity by crowd analysis of tonsil crypt microflora

通过扁桃体隐窝微生物区系人群分析研究扁桃体炎重复和严重程度的多菌发病模型

基本信息

批准号：
17K11400
负责人：
平岡政信
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Wakayama Medical University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-01-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

アメリカ留学にて行った、菌叢解析に対するdry methodの日本への移入をすすめ、同様の解析データを新規におこなった。dryの解析環境をupdateし、おもにpythonコードを応用し、データ毎に開発環境を構築した。プログラムの導入、ハードウェアの調整、留学先のデータセンターとの連絡調整などをオンラインも用いておこなった。qiime2プロトコルは以下となる。UCSD MicrobiomeCoreでの検体処理として、QiitaへFASTQファイルをインポートし96wellデータより必要なサンプルのみをsplitする。次に150bpへのtrimming, デフォルト設定でのdeblurを経てBIOMファイルを作成する。次にこれらを初期データとして、ubuntu上でQiime2が稼働するVirtual machine（ウィンドウズ10上）にてjupyter notebookを用いて、スクリプトを実行する。データはEBI-ENAに登録、後悔することを前提としたフォーマットの確認を行う。データベースの選定としては、green genes97%一致の上、RDPベースのデータも処理した。特に巨大データベース処理においてはマシンのメモリ増設等が必要であったため、適宜調整を継続した。また、論文作成における図表の作成においても、pythonスクリプトによる描出を、各フォーラムでの質疑、チュートリアルを参考に継続使用した。wetの実際としては、選択培地に用いる抗菌薬の購入調整、DNA実験用の各種プライマー合成を行った。Detroit562などの上皮細胞培養のためのウェルの選定、培養条件の調整などをおこなうとともに、新規臨床検体のエントリーを続けている。

The dry method of migration and analysis of bacteria is a new method. dry analysis environment update, python open environment construction The introduction of the list, the adjustment of the list qiime2 UCSD Microbiome Core's system management, Qiita FASTQ's system management, and 96well system management are required. The next 150bp trimming, deblur, and BIOM configuration are created. In the second place, Qiime2 is available on ubuntu. The jupyter notebook is available on ubuntu. EBI-ENA is the only way The selection and processing of RDP and green genes are 97% consistent. Special attention should be paid to the adjustment of the situation. For example, if you want to make a list, you can use it as a reference. wet application, selection, cultivation, acquisition, adjustment, DNA application, and synthesis Selection of culture medium, adjustment of culture conditions, and new clinical conditions for epithelial cell culture of Detroit562

项目成果

期刊论文数量（1）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

反復性扁桃炎における、扁桃陰窩細菌叢のRed Complexの増加と乳酸菌carbonhydrate utilization geneの発現

复发性扁桃体炎中扁桃体隐窝微生物群红色复合物的增加和乳酸菌碳水化合物利用基因的表达

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tominaga Hiroto;Matsuzaki Juntaro;Oikawa Chihiro;Toyoshima Kensho;Manabe Haruki;Ozawa Eriko;Shimamura Atsushi;Yokoyama Riko;Serizawa Yusuke;Ochiya Takahiro;Saito Yoshimasa;平岡政信
通讯作者：
平岡政信