ファージの単離を経ない次世代ファージバイオロジクスの創出

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昨年度、大幅な遅れが生じたものの陽性対照となる遺伝子Aを準備することができた。これにより、塩基配列の抽出、コドン最適化、合成、クローニング、発現、標的細菌に対する殺菌性評価、を一つのプラットホーム上で実施できるようになった。遺伝子情報が集められたデータベースから、標的細菌に活性を示す可能性があり、論文等で機能解析が行われていない遺伝子を約200種類抽出した。大腸菌内での効率的な発現を実現するために、遺伝子Aに対して行ったのと同様の方法でコドンを最適化して合成した。この際、5'端と3'端にin vitro DNA assembly用の共通配列を付加し、次のクローニング作業をハイスループット化した。発現ベクターへのクローニング後、プラスミドを抽出し、各遺伝子の配列を確認した。変異が生じていたものについてはクローニングからやり直した。その後、大腸菌内で遺伝子発現を誘導し、超音波処理により菌体を破壊、粗抽出物を得た。これを標的細菌上に滴下することで各遺伝子産物の溶菌活性・抗菌活性の有無を判定した。複数の遺伝子産物が溶菌活性・抗菌活性を示した。