人工知能を用いた卵巣癌のヒストン修飾異常の解明および新規エピゲノム治療薬の開発

阐明卵巢癌中的组蛋白修饰异常并利用人工智能开发新型表观基因组疗法

• 批准号: 20J11539
• 负责人: 久木田 麻子
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-24 至 2022-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20J11539/
• 关键词: 卵巣癌; エピゲノムバイオマーカー; 化学療法抵抗性; 卵巣がん; ヒストン修飾

本研究では、シスプラチン感受性株（卵巣類内膜癌：A2780、高異型度漿液性卵巣癌：TYKnu）とシスプラチン耐性株(A2780cis、TYKnuCPr)を使用して、H3K27acを標的とするChIP-seqと新生RNAおよび遺伝子の発現を検出するNET-CAGEを行い、化学療法耐性獲得に関わるエピゲノムバイオマーカーを探索した。ChIP-seq解析は、H3K27acのピークコールの変動およびSEのランク変動を抽出した。NET-CAGE解析は、mRNAおよびエンハンサーRNAの発現変動、転写因子モチーフを抽出した。ChIP-seqとNET-CAGEのデータを統合し、シスプラチン抵抗性株において、H3K27acの発現がUP（logFC≧1）する遺伝子の中で、SEランクも50ランク以上UP、eRNAの発現もUP（logFC≧1, FDR<0.05）する7遺伝子を抽出した（DEGS2, NR2F2, SNORD140, LINC01391, XIRP1, ADGRB1, TNFRSF10D）。その中から、転写因子NR2F2に着目した。NR2F2は、シスプラチン耐性卵巣癌細胞株/癌組織における有意な発現亢進が報告されている。本研究においても、リアルタイムPCR法によりシスプラチン感受性株よりシスプラチン耐性株においてNR2F2の有意な発現亢進が認められた。siRNAによりNR2F2をノックダウンしたシスプラチン耐性株(A2780cis、TYKnuCPr)にシスプラチンを添加し、48-72h後の細胞生存率の検証を行ったが、シスプラチン耐性株のシスプラチンに対する感受性は有意な改善を認めなかった。NR2F2がシスプラチンに対する感受性の改善に直接的な役割は果たしていない可能性もあり、その機能の解明は今後に課題が残る。

In this study, we explored the use of H3K27ac as a marker for ChIP-seq neo RNA and gene expression in NET-CAGE susceptible strains (endometrial carcinoma: A2780, highly atypical serous ovarian carcinoma: TYKnu) and resistant strains (ChIP-seq resistant strains: A2780cis, TYKnuCPr), and the acquisition of chemotherapy resistance. ChIP-seq analysis, H3K27ac, SE, and other changes in the NET-CAGE analysis of mRNA expression, mRNA ChIP-seq and NET-CAGE data integration, sipron resistance, H3K27ac development, UP (logFC ≥ 1), eRNA development, UP (logFC ≥ 1, FDR<0.05), 7 gene extraction (DEGS2, NR2F2, SNORD140, LINC01391, XIRP1, ADGRB1, TNFRSF 10D). In the middle of the day, the writing factor NR2F2 is highlighted. NR2F2 is resistant to ovarian cancer cell lines/cancer tissues and is intentionally hyperactive. In this study, we developed a novel PCR method to detect the intentional hyperactivity of NR2F2 in susceptible strains. Cell viability was evaluated 48-72h after addition of siRNA to NR2F2 resistant strains (A2780cis, TYKnuCPr). NR2F2 has been developed to improve the sensitivity of the system, to improve the effectiveness of the system, to improve the functionality of the system, and to improve the efficiency of the system.

项目成果

To identify chemo-resistance related genes in the regulation of H3K27ac in ovarian cancer

鉴定卵巢癌中 H3K27ac 调控的化疗耐药相关基因

• 发表时间: 2021
• 作者: Sawada Yusuke;Fujisawa Takeshi;Saitoh Kunimasa;久木田 麻子
• 通讯作者: 久木田 麻子

To investigate molecular cancer drivers of chemoresistant cellular state in ovarian cancer through epigenomic and transcriptional analyses

通过表观基因组和转录分析研究卵巢癌化疗耐药细胞状态的分子癌症驱动因素

• 发表时间: 2021
• 作者: Asako Kukita

To investigate cancer drivers of chemoresistance in ovarian cancer through epigenomic and transcriptional analyses

通过表观基因组和转录分析研究卵巢癌化疗耐药的癌症驱动因素

• 发表时间: 2020
• 作者: Fukui Yamato;Hirota Yasushi;Saito-Fujita Tomoko;Aikawa Shizu;Hiraoka Takehiro;Kaku Tetsuaki;Hirata Tomoyuki;Akaeda Shun;Matsuo Mitsunori;Shimizu-Hirota Ryoko;Takeda Norihiko;Ikawa Masahito;Osuga Yutaka;Asako Kukita
• 通讯作者: Asako Kukita