人工知能を用いた卵巣癌のヒストン修飾異常の解明および新規エピゲノム治療薬の開発

本研究では、シスプラチン感受性株（卵巣類内膜癌：A2780、高異型度漿液性卵巣癌：TYKnu）とシスプラチン耐性株(A2780cis、TYKnuCPr)を使用して、H3K27acを標的とするChIP-seqと新生RNAおよび遺伝子の発現を検出するNET-CAGEを行い、化学療法耐性獲得に関わるエピゲノムバイオマーカーを探索した。ChIP-seq解析は、H3K27acのピークコールの変動およびSEのランク変動を抽出した。NET-CAGE解析は、mRNAおよびエンハンサーRNAの発現変動、転写因子モチーフを抽出した。ChIP-seqとNET-CAGEのデータを統合し、シスプラチン抵抗性株において、H3K27acの発現がUP（logFC≧1）する遺伝子の中で、SEランクも50ランク以上UP、eRNAの発現もUP（logFC≧1, FDR<0.05）する7遺伝子を抽出した（DEGS2, NR2F2, SNORD140, LINC01391, XIRP1, ADGRB1, TNFRSF10D）。その中から、転写因子NR2F2に着目した。NR2F2は、シスプラチン耐性卵巣癌細胞株/癌組織における有意な発現亢進が報告されている。本研究においても、リアルタイムPCR法によりシスプラチン感受性株よりシスプラチン耐性株においてNR2F2の有意な発現亢進が認められた。siRNAによりNR2F2をノックダウンしたシスプラチン耐性株(A2780cis、TYKnuCPr)にシスプラチンを添加し、48-72h後の細胞生存率の検証を行ったが、シスプラチン耐性株のシスプラチンに対する感受性は有意な改善を認めなかった。NR2F2がシスプラチンに対する感受性の改善に直接的な役割は果たしていない可能性もあり、その機能の解明は今後に課題が残る。

本研究では、シスプラチン感受性株（卵巣類内膜癌：A2780、高異型度漿液性卵巣癌：TYKnu）とシスプラチン耐性株(A2780cis、TYKnuCPr)を使用して、H3K27acを標的とするChIP-seqと新生RNAおよび遺伝子の発現を検出するNET-CAGEを行い、化学療法耐性獲得に関わるエピゲノムバイオマーカーを探索した。ChIP-seq解析は、H3K27acのピークコールの変動およびSEのランク変動を抽出した。NET-CAGE解析は、mRNAおよびエンハンサーRNAの発現変動、転写因子モチーフを抽出した。ChIP-seqとNET-CAGEのデータを統合し、シスプラチン抵抗性株において、H3K27acの発現がUP（logFC≧1）する遺伝子の中で、SEランクも50ランク以上UP、eRNAの発現もUP（logFC≧1, FDR<0.05）する7遺伝子を抽出した（DEGS2, NR2F2, SNORD140, LINC01391, XIRP1, ADGRB1, TNFRSF10D）。その中から、転写因子NR2F2に着目した。NR2F2は、シスプラチン耐性卵巣癌細胞株/癌組織における有意な発現亢進が報告されている。本研究においても、リアルタイムPCR法によりシスプラチン感受性株よりシスプラチン耐性株においてNR2F2の有意な発現亢進が認められた。siRNAによりNR2F2をノックダウンしたシスプラチン耐性株(A2780cis、TYKnuCPr)にシスプラチンを添加し、48-72h後の細胞生存率の検証を行ったが、シスプラチン耐性株のシスプラチンに対する感受性は有意な改善を認めなかった。NR2F2がシスプラチンに対する感受性の改善に直接的な役割は果たしていない可能性もあり、その機能の解明は今後に課題が残る。