Single-cell analysis of hematologic malignancies

血液恶性肿瘤的单细胞分析

• 批准号: 20J20851
• 负责人: 安部 佳亮
• 金额: $ 1.6万
• 依托单位: University of Tsukuba
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-24 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20J20851/
• 关键词: シングルセル解析; リンパ腫; リンパ節; 間質細胞; シングルセルRNAシーケンス; 血管内皮細胞

濾胞性リンパ腫患者10症例のサンプルから抽出した間質細胞のシングルセルデータを詳細に解析した。パイプラインSeuratを用いて統合・クラスタリングしたシングルセルデータをパイプラインMonocle3に移行してpseudotime解析を行い、各細胞クラスターの分化関係を推定することに成功した。血管内皮においては、動脈や静脈といった径の大きい血管内皮から毛細血管内皮、また、最終的に血管先端細胞に至る分化関係を示した。間質細胞においては、リンパ節の外壁や髄質に分布する線維芽細胞がリンパ節の濾胞周囲に分布する線維芽細胞、そして最終的に濾胞樹状細胞に分化することを推定した。また、パイプラインMetascapeを用いて、各細胞クラスターで高発現している遺伝子リストから各クラスターの機能の推定を行った。また、正常リンパ節の間質細胞のシングルセル解析データと比較解析を行うことで同定された、濾胞性リンパ腫の間質細胞において発現上昇している遺伝子に対しても同様に機能の推定を行い、濾胞性リンパ腫の間質細胞の機能の変化がサブクラスターごとに様々に変化していることが明らかとなった。さらにこれらのアトラスを用いた解析がリンパ腫研究に広く有用であるかを調査するため、濾胞性リンパ腫以外のリンパ腫（T細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫から形質転換したびまん性大細胞型B細胞リンパ腫）においてもシングルセル解析を行い（合計8サンプル）、アトラスで同定されていた間質サブタイプがそれらのリンパ腫においても認められることを確認した。これらの解析はいずれも世界的に行われていない解析であり、解析結果は新規性を有している。研究成果を論文化し、成果はNature Cell Biology誌にて出版された。

10 cases of interstitial cell disease were analyzed in detail The pseudotime analysis of migration and differentiation relationship between cells was successfully carried out by using the method of integration and differentiation of cells. The vascular endothelium, vascular vein diameter, vascular endothelium, capillary endothelium, and finally vascular apex cell differentiation are shown. Interstitial cell differentiation is presumed to be the result of cell differentiation, including cell differentiation, and cell differentiation. The function of each cell is estimated by using the Metascape and high detection rate. In addition, in order to improve the function of the stromal cells, the function of the stromal cells of the normal and filtering nodules should be improved. For example, if you are interested in studying a topic, you can use it to analyze it.(T cell proliferation, cytoplasmic proliferation, morphological changes, and large B cell proliferation). The analysis of the total number of cells (8 cases in total) and the loss of cells were confirmed. The analysis of the world's behavior, analysis of the results of the new nature, The results of the research were published in Nature Cell Biology.

项目成果

A Comprehensive Single-Cell Atlas of Nonhematopoietic Cells in Human Lymph Node and Lymphoma for Dissecting Stromal Remodeling

用于解剖基质重塑的人类淋巴结和淋巴瘤中非造血细胞的综合单细胞图谱

• 发表时间: 2021
• 作者: 秦有輝;楢本悟史;日渡祐二;経塚淳子;安部 佳亮
• 通讯作者: 安部 佳亮

A Comprehensive Single-Cell Atlas of Nonhematopoietic Cells in Human Lymph Node and Lymphoma Reveals Landscape of Stromal Remodeling

人类淋巴结和淋巴瘤中非造血细胞的综合单细胞图谱揭示了基质重塑的景观

• 发表时间: 2021
• 作者: Peng G;Kageyama S;Ikutama R;Umehara Y;Trujillo V;Nguyen HL;Takahashi M;Yue H;Komatsu M;Okumura O;Ogawa H;Ikeda S;Niyonsaba F;安部佳亮,坂田（柳元）麻実子，藤澤 学，三好寛明，末原泰人，服部圭一朗，日下部学，坂本竜弘，錦井秀和，Nguyen Tran，吉田近思，大和田洋平，榎本剛史，坂東裕子，中山雅博，大島孝一，臼杵憲祐，小田竜也，末永孝生，千葉 滋
• 通讯作者: 安部佳亮,坂田（柳元）麻実子，藤澤 学，三好寛明，末原泰人，服部圭一朗，日下部学，坂本竜弘，錦井秀和，Nguyen Tran，吉田近思，大和田洋平，榎本剛史，坂東裕子，中山雅博，大島孝一，臼杵憲祐，小田竜也，末永孝生，千葉 滋

A single-cell atlas of non-haematopoietic cells in human lymph nodes and lymphoma reveals a landscape of stromal remodelling.

• DOI: 10.1038/s41556-022-00866-3
• 发表时间: 2022-04
• 期刊: Nature cell biology
• 影响因子: 21.3

A Single-Cell Atlas of Nonhematopoietic Cells in Human Lymph Node and Lymphoma Reveals Landscape of Stromal Remodeling

人类淋巴结和淋巴瘤中非造血细胞的单细胞图谱揭示了基质重塑的景观

• 发表时间: 2021
• 作者: Yoshiaki Abe;Mamiko Sakata-Yanagimoto;Manabu Fujisawa;et al.;Tatsuya Oda;Kosei Matsue;Shigeru Chiba
• 通讯作者: Shigeru Chiba