KIRアリル多型に基づく難治性造血器腫瘍に対する移植ドナーの最適化

基于KIR等位基因多态性的难治性造血肿瘤移植供体优化

• 批准号: 20J23792
• 负责人: 森田 真梨
• 金额: $ 1.6万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-24 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20J23792/
• 关键词: KIR; アレル多型; 同種造血幹細胞移植

昨年度はKiller cell immunoglobulin-like receptor(KIR)遺伝子のタイピング法の開発に向け、全ゲノムシークエンス(Whole genome sequencing, WGS)データを用いて全17KIR遺伝子のコピー数、アレル、ハプロタイプ構造を予測する手法を確立した。さらに同開発手法を用いて、日本人約2000人のハプロタイプを決定した。本年度はその情報を用いて、全てのハプロタイプに共通するKIR遺伝子のインターバル配列を計算機科学的手法で予測し、タイピングに用いる、各KIR遺伝子特異的なPCRプライマーの配列を策定した。現在上記手法でKIR遺伝子多型を決定した日本人サンプルをコントロールとしてプライマーの検証を行っており、ロングリードシーケンサーによるシーケンス方法を確立する見込みである。ロングリードシーケンサーを用いればKIR遺伝子配列を1本のシーケンスリードとして得ることができ、KIRアレルを高精度に決定することが可能となる。

Last year, the development direction of the Killer cell immunoglobulin-like receptor(KIR) gene sequencing method and the Whole genome sequencing (WGS) gene sequencing method were established. About 2000 Japanese people decided to use the same development method. This year, we will use the information to predict, use, and configure the KIR gene sequences in a computer-scientific manner. Now note that the method of determining the polymorphism of KIR gene has been established. The KIR sub-array can be determined with high accuracy by using the KIR sub-array.