Analysis of the microbiome in intractable tropical skin diseases

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熱帯皮膚病において、皮膚マイクロバイオームが与える影響を解析することにより、宿主と微生物との相互作用の理解を通し、今後の臨床に広く貢献することを目指す。具体的な目的は以下のとおりである。①熱帯皮膚病の蔓延地域からの、検体輸送方法の確立。②熱帯皮膚病における微生物の構成や割合の解明。③培養が困難な微生物の可視化と熱帯皮膚病診断率の上昇。④抗生剤治療前後における皮膚マイクロバイオームの変化と、難治症例の評価。⑤増悪・重症化の予測因子の解明。具体的には、コートジボワールのブルーリ潰瘍の患者にて集団検診を利用し、抗生剤治療前後での病変部の皮膚細菌叢の変化を評価する。採取した検体は現地でDNA抽出後、名古屋大学にDNAを輸送し、微生物間で高度に保存されている領域を利用した16SrRNA解析を行う。細菌叢全体の遺伝子情報を解明することで、治療前後における細菌叢の構成の変化を解明する。一昨年度は、適切な検体採取と解析方法を確立するため、まずは健常皮膚やブルーリ潰瘍以外の皮膚疾患において皮膚マイクロバイオームの解析を行った。採取した皮膚常在菌の検体につき、様々なDNA抽出方法での条件検討を行いて、最も効率的に皮膚常在細菌叢のDNAが得られる条件検討を行った。昨年度も、得られたDNAを用いて、実際にMiSeqで16SrRNA解析を行い、個々の症例における菌叢解析の結果を集積した。また、現地スタッフの協力を得て、コートジボワールのブルーリ潰瘍患者5症例から、パイロットスタディ用の臨床検体を採取した。昨年度は、パイロットスタディで採取した臨床検体を名古屋大学に抽出DNAの形で輸送し、16SrRNA解析を行った。本年度は、コートジボワールのブルーリ潰瘍患者5症例の検体のdata解析を行った。