piRNA経路におけるmRNA分解を介した遺伝子発現制御機構の解明

阐明piRNA途径中mRNA降解介导的基因表达控制机制

• 批准号: 19J22115
• 负责人: 半場 悠
• 金额: $ 1.98万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-25 至 2022-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19J22115/
• 关键词: lincRNA; トポロジカルアソシエイティングドメイン; 肥大性心筋症; ncRNA; TAD; ノンコーディングRNA; エピゲノム

昨年度までにlincRNAの遺伝子座がゲノム高次構造（トポロジカルアソシエイティングドメイン；TAD）中に保存されることを示した。今年度はこの遺伝子座の偏在が組織特異性と関連することを明らかにし、lincRNAの発現パターンを介して組織特異性に重要な遺伝子群を同定する枠組みについて提案を行った。具体的にはタンパク質コード遺伝子座がTAD間領域に濃縮する一方、lincRNAはTAD内部に対して遺伝子座の濃縮を示した。このようなTADへの濃縮は発現特異性とも関連しており、TADに濃縮するlincRNAはその他のlincRNAやコード遺伝子と比較してもより高い組織特異性を有していた。TADはlincRNAの組織特異的な発現の基盤となることが示唆される。さらに、lincRNAのcis-, trans-制御の標的遺伝子群の２グループを同定することで、サンプル間の形質の違いを生み出すメカニズムの推定を行うことができると考えた。このことを実証するため、ヒト肥大性心筋症のデータを用いて、疾患特異的に発現変動するlincRNAと関連する遺伝子群とその上流遺伝子の特定を特定し、疾患の進展に重要なパスウェイを同定した。

This is the first time that we've seen this in a higher-order structure (TAD). This year, the gene locus is biased towards tissue-specific and related genes, and the expression of lincRNA is mediated by tissue-specific and important gene subgroups. Specifically, the expression of the protein in the region between TADs is concentrated, and the expression of the protein in the region inside TADs is concentrated. The concentration of TAD-like protein has a high tissue-specificity and a high correlation with TAD-like protein. Tissue-specific development of tad lincrna is a key factor in the development of tad lincrna. The two groups of genes that control the target RNA are determined by the similarity between the two groups of genes. This is the case for hypertrophic cardiomyopathy, which is characterized by its use, disease-specific development, and association with its genetic subgroups and upstream genes.