Establishment of an early detection method by the environmental DNA of the alien diatom Cymbella janischii in Japan

日本外来硅藻Cymbella janischii环境DNA早期检测方法的建立

• 批准号: 19K06187
• 负责人: 鵜木 陽子
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K06187/
• 关键词: 特許; 外来珪藻; 環境DNA; 特異的検出系; 河川水由来DNA; ジェノタイピング; 定量PCR; 正の相関; 外来種; Cymbella janischii; 内水面; 環境保全; Genetics; Single cell; ミズワタクチビルケイソウ; 早期検出; 保全

2021年度までの研究で、設計した検出系（P1, P2, P3）は付着珪藻由来のDNAから本種を偽陽性なく特異的に検出でき、その感度は顕微鏡の結果と正に相関するだけでなく、すぐれていることが確認できている。本年度（2022年度）では、検出系のうち増幅効率がよく、配列情報が非公開であったP2のリバース側プライマーを起点に特許を出願するとともに（特願 2022-158624）、河川水からも同様に検出可能であるのかを確認した。河川水の解析では、環境DNAのマニュアルで標準化されているフィルターカートリッジのステリベクスを用い、魚類と同じ抽出方法で実施した。その結果、河川水からも同様に検出可能であることが確認されたが、検出感度は付着珪藻よりも劣り、同じ場所の顕微鏡観察の結果とは有意な相関が得られなかった。相関の問題はあるが、魚類と同じ方法で河川水から検出できたことから、1) 魚類と同じサンプルを共有できること、2) 1）により同一サンプルから魚類を含めた総合的な生物・環境評価が可能になるなどのメリットが今後期待される。一方、結果が相関しない原因としては、河川水は上流から流れてくるために採水現場よりも上流の状況を反映しているためだと推察されるが、これについては上流の状況を把握した詳細な解析で今後確認する必要がある。また、P3では一部のサンプルで検出できず、偽陽性を示すものもあったことから、拮抗する類似配列の影響などが考えられた。P3は内部のSNPが一つしかないこともあり、今後は検出系から外すことにした。成果発表では、学会発表を1件、プレスリリースを１件行った。

In the year 2021, the research and design departments (P1, P2, P3) are responsible for the origin of DNA to determine the characteristics of this disease. The results show that the results are consistent with each other. This year (2022), this year (20 The analysis of the river water supply and the standardization of the environmental DNA water supply system are similar to those of the extraction method. The results show that it is possible for the river water to make sure that it is not safe, that the sensitivity is not good, and that the results of the micro-inspection in the same place have the same results. Similar problems, similar methods, such as the river water system, the river water, the river water, the river, the same, the same. On the one hand, the results show that the cause of the accident is very serious, and the situation of the upstream of the river and the upper reaches of the river reflects that it is necessary to make sure that it is necessary in the future. In one of the movies, P3, it is shown that there are no signs of disease, that the type of antagonist is similar to that of the movie, and that the type of antagonist is similar to that of the test. P3 "SNP" in the first place, and in the future, you will find out that you are not in the market. The results are listed in the table, 1 in the learning table and 1 in the row.

项目成果

環境水からの外来種ミズワタクチビルケイソウの特異的検出

环境水中入侵物种铜绿假单胞菌的特异性检测

• 发表时间: 2022
• 作者: 鵜木(加藤)陽子;真山茂樹;栗原 暁;清野聡子;源 利文
• 通讯作者: 源 利文

外来種ミズワタクチビルケイソウ検出法の開発

外来物种A检测方法的开发

• 发表时间: 2022
• 作者: T. Watanabe;A. Nakano;K. Tokunaga;T. Shiigi;K. Shimojima;工藤貴史;鵜木（加藤）陽子（九大院農）・真山茂樹（東京学芸大教）・栗原 暁（九大院農）・清野聡子（九大院工）・源 利文（神戸大院発達）
• 通讯作者: 鵜木（加藤）陽子（九大院農）・真山茂樹（東京学芸大教）・栗原 暁（九大院農）・清野聡子（九大院工）・源 利文（神戸大院発達）

Genetic evidence for the invasion of Cymbella janischii (A. Schmidt) De Toni, 1891 in Japan

Cymbella janischii (A. Schmidt) De Toni 于 1891 年入侵日本的遗传证据

• DOI: 10.3391/bir.2022.11.2.14
• 发表时间: 2022
• 期刊: BioInvasions Records
• 影响因子: 1.4
• 作者: Kato-Unoki Yoko;Kurihara Akira;Kuge Toshihiro;Shimasaki Yohei;Suzawa Yuzuru;Mayama Shigeki
• 通讯作者: Mayama Shigeki

ミズワタクチビルケイソウの特異的検出

铜绿假单胞菌特异性检测

• 发表时间: 2022

群馬県におけるミズワタクチビルケイソウの分布

群马县粳稻分布

• 发表时间: 2019
• 期刊: 群馬県水産試験場研究報告
• 作者: T. Watanabe;A. Nakano;K. Kambara;K. Tokunaga;T. Shiigi;K. Shimojima;工藤貴史;柳田哲矢;久下敏宏・山下耕憲・新井肇・栗原暁・鵜木（加藤）陽子
• 通讯作者: 久下敏宏・山下耕憲・新井肇・栗原暁・鵜木（加藤）陽子